一、控制培养基的营养成分
微生物的代谢类型十分丰富,其分布状态随环境条件的不同而异.如果环境中含有较多某种物质,则其中能分解利用该物质的微生物也较多.因此,在分离该类菌株之前,可在增殖培养基中人为加入相应的底物作惟一碳源或氮源.那些能分解利用的菌株因得到充足的营养而迅速繁殖,其他微生物则由于不能分解这些物质,生长受到抑制.当然,能在该种培养基上生长的微生物并非单一菌株,而是营养类型相同的微生物群.富集培养基的选择性只是相对的,它只是微生物分离中的一个步骤.
现举两例,如要分离水解酶产生菌,可在富集培养基中以相应底物为惟一碳源,加入含菌样品,给目的微生物以最佳的培养条件（pH、温度、营养、通气等）进行培养.能分解利用该底物的菌类得以繁殖,而其他微生物则因得不到碳源无法生长,菌数逐渐减少.此时分离将得到所需的微生物.又如要分离耐高渗酵母菌,由于该类菌在一般样品中含量很少,富集培养基和培养条件必须严密设计.首先要到含糖分高的花蜜、糖质中去取样.富集培养基为5%～6%的麦牙汁,30%～40%葡萄糖,pH3～4,在20～25℃温度下进行培养,可以达到富集的目的.
在富集培养时,还需根据微生物的不同种类选用相应的富集培养基,如淀粉琼脂培养基通常用于丝状真菌的增殖,配方为（%）：可溶性淀粉4,酵母浸膏0.5,琼脂2,pH6.5～7.0.在配制时要特别注意酵母浸膏加量,过多会刺激菌丝生长,而不利于孢子的产生.
根据微生物对环境因子的耐受范围具有可塑性的特点,可通过连续富集培养的方法分离降解高浓度污染物的环保菌.如以苯胺作惟一碳源对样品进行富集培养,待底物完全降解后,再以一定接种量转接到新鲜的含苯胺的富集培养液中,如此连续移接培养数次.同时将苯胺浓度逐步提高,便可得到降解苯胺占优势的菌株培养液,采用稀释涂布法或平板划线法进一步分离,即可得到能降解高浓度苯胺的微生物.移种的时间既可根据底物的降解情况,也可通过微生物的生长情况确定.如在分离环己烷降解菌时,样品经环己烷为惟一碳源的培养基富集后,培养液由原来的无色变为浑浊的乳白色.同时锥行瓶壁上也可观察到微生物的生长情况.此时可以2%的接种量移入新鲜的富集培养基中继续培养.连续富集培养的方法虽耗时较长,有时甚至需要6～7个月,但效果较好.通过该方法分离DDT、甲基对硫磷（MP）及其他一些污染物的分解菌,也都取得了满意的结果.
二、控制培养条件
在筛选某些微生物时,除通过培养基营养成分的选择外,还可通过它们对pH、温度及通气量等其他一些条件的特殊要求加以控制培养,达到有效的分离目的.如细菌、放线菌的生长繁殖一般要求偏碱（7.0～7.5）,霉菌和酵母菌要求偏酸（4.5～6）.因此,富集培养基的pH值调节到被分离微生物的要求范围不仅有利于自身生长,也可排除一部分不需要的菌类.
分离放线菌时,可将样品液在40℃恒温预处理20分钟,有利于孢子的萌发,可以较大的增加放线菌数目,达到富集的目的.
筛选极端微生物时,需针对其特殊的生理特性,设计适宜的培养条件,达到富集的目的.一般所筛选的微生物通常是好氧菌,但有时也需分离厌氧菌.因严格厌氧菌不仅可省略通气、搅拌装置,还可节省能耗.这时除了配置特殊的培养基外,还需准备特殊的培养装置,创造一个有利于厌氧菌的生长环境,使其数量增加,易于分离.
三、抑制不需要的菌类
在分离筛选的过程中,除了通过控制营养和培养条件,增加富集微生物的数量以有利于分离外,还可通过高温、高压、加入抗生素等方法减少非目的微生物的数量,使目的微生物的比例增加,同样能够达到富集的目的.
从土壤中分离芽孢杆菌时,由于芽孢具有耐高温特性,100℃很难杀死,要在121℃才能彻底死亡.可先将土样加热到80℃或在50%乙醇溶液中浸泡1h,杀死不产芽孢的菌种后再进行分离.在富集培养基中加入适量的胆盐和十二烷基磺酸钠可抑制革兰阳性菌的生长,对革兰阴性无抑制作.分离厌氧菌时,可加入少量硫乙醇酸钠作为还原剂,它能使培养基氧化还原电势下降,造成缺氧环境,有利于厌氧菌的生长繁殖.
筛选霉菌时,可在培养基中加入四环素等抗生素抑制细菌,使霉菌在样品的比例提高,从中便于分离到所需的菌株；分离放线菌时,在样品悬浮液中加入10滴10%的酚或加青霉素（抑制G+菌）、链霉素（抑制G-菌）各30～50U/ml,以及丙酸钠10μg/ml（抑制霉菌类）抑制霉菌和细菌的生长.另外据报道,重铬酸钾对土壤真菌、细菌有明显的抑制作用,也可用于选择分离放线菌.在分离除链霉菌以外的放线菌时,先将土样在空气中干燥,再加热到100℃保温1h,可减少细菌和链霉菌的数量.分离耐高浓度酒精和高渗酵母菌时,可分别将样品在高浓度酒精和高浓度蔗糖溶液中处理一段时间,杀死非目的微生物后再进行分离.
对于含菌数量较少的样品或分离一些稀有微生物时,采用富集培养以提高分离工作效率是十分必要的.但是如果按通常分离方法,在培养基平板上能出现足够数量的目的微生物,则不必进行富集培养,直接分离、纯化即可.
