起诉书中指出，苗栗市黄姓妇人经营的地下工厂，从1994开始，雇用罗姓男子以15吨水加入1公斤、俗称“保险粉”的工业漂白水低亚硫酸钠，浸泡豆芽菜贩卖。每天出货约480公斤，销往南苗地区摊商、小吃店及大湖、三义、铜锣等乡镇面店或摊商，每月净利5万元（新台币，下同）左右。
苗栗县卫生局去年底获报前往稽查，发现业者不法情事，依违反“食品卫生管理法”裁罚6万元；但业者停用几个月，因为客户纷纷反映豆芽菜的卖相变差，被告因而故态复萌又开始浸泡加工，检方估计从“食品卫生管理法”修正施行至检警查获为止，已超过108吨黑心豆芽菜被民众吃下肚。
检方追查发现，大多数的小吃店对豆芽菜以工业漂白水加工并不知情，但其中一家知名的馄饨店，明知豆芽菜加工却仍继续使用。全案检察官侦查终结，检方依“食品卫生管理法”将黄姓妇人、罗姓员工和 知名馄饨负责人，一并提起公诉。
