台湾地区“食药署”依据食品安全卫生管理法及输入食品及相关产品查验办法执行边境查验。“食药署”在基隆港、桃园机场、台中港及高雄港设有办事处，办理所有输入食品的边境查验，自2011年起收回自办边境食品及相关产品查验以来，每年度查验批数均呈现增长趋势，2014年度查验累积已达约60万批食品及相关产品。
“食药署”每年均依据前一年度进口较多批数的税则号列、历年进口不合格批数高的产品、不合格品项及境内外有报导高风险品项等因素制定年度查验计划（如提高产品的抽验率，最高可提高至100%）及年节加强查验计划，严格执行输入食品查验，避免不合格产品进入。
