根据改革方案，农发行将坚持以政策性业务为主体，审慎发展自营性业务。对政策性业务和自营性业务实行分账管理、分类核算。
同时，修改农发行章程并由国务院发布，作为依法合规经营的重要依据。完善财税货币支持政策，对于政策性财务挂账等历史遗留问题，将逐步消化政策性财务挂账。明确资本补充计划，逐步建立资本充足率约束机制。
在组织架构上，农发行将建立健全治理结构，成立董事会并强化其功能，维持现行的外派监事会制度，建立市场化的人力资源管理体制与激励约束机制。
农发行有关部门负责人说，深化农发行改革，强化政策性功能，有利于解决农村金融与“三农”发展需要存在的期限错配、权益错配、供给不足等突出问题，推动加快实现农业现代化、城乡发展一体化。
农发行是１９９４年在我国建立社会主义市场经济体制、深化金融体制改革、强化农业基础地位的背景下成立的，２００４年至２０１４年末，该行累放粮棉油收储贷款４．７８万亿元，每年支持粮食收购占当年商品量的６０％左右、棉花占产量的５０％以上，是我国政策性金融支农主体。
