《办法》规定，学校食品安全由县级以上人民政府负总责，包括领导、组织、协调本行政区域学校食品安全工作以及完善、落实学校食品安全监督管理责任，提供必要的财政支持，改善基础条件，为学校食品安全提供保障。
学校承担校园内食品安全管理责任，学校法定代表人是学校食品安全第一监管人，学校有责任要求食品生产经营者按照食品安全法律法规及规章规范的要求从事食品生产经营活动，确保食品安全并符合一定的营养要求。
《办法》明确，教育行政部门要指导并监督下级教育行政部门和各级各类学校落实学校食品安全责任。食品药品监督管理部门承担学校及周边食品安全日常监督管理责任，依法实施行政许可，开展日常监督执法，查处学校及周边食品安全违法违规行为。公安、工商、质监、城管等相关部门依照各自法定职责承担学校及周边食品安全违法违规行为的查处职责。
各地要建立学校食品安全责任追究制度，对玩忽职守、疏于管理，导致学校发生食品安全责任事故、造成社会影响的，追究学校和相关责任人的责任；对不履行或不正确履行食品安全管理职责的单位及人员，依据相关法律法规追究其责任。
《办法》还特别提出，严禁高等院校以外的学校食堂加工制作冷荤凉菜，严禁学校食堂违规购进、贮存和使用监管部门明令禁止的相关食品、食品原料、添加剂等，严禁各类学校食堂使用非食用物质加工制作食品。
