6月28日，国家审计署发布“中国储备粮管理总公司（中储粮）2013年度财务收支审计结果”，由于内部管理不善以及决策失误等原因，中储粮损失超过8亿元，还有超过4亿元的资金面临损失风险。
审计报告显示，2012~2013年，由于中储粮下属河南分公司、漯河直属库等单位管控不到位，存储在承储库点的粮食发生短库、质价不符等问题，造成损失7.85亿元、潜在损失1.89亿元，其中2013年损失4.95亿元。
河南是粮食大省，近年来，中国对小麦、玉米、水稻等粮食作物进行托市收购，收购与存储的粮食数量巨大，业内人士介绍，中储粮直属库仓储能力有限，也无法全面覆盖粮食产区，不得不与大量的地方粮库合作，由地方粮库代收代储，中储粮负责监管，但是由于点多、线长、面广，监管缺位时有发生。
2010年至2013年，中储粮下属涿州直属库、蓟县直属库等5家单位在与4家粮食企业开展粮食购销合作中监管不力，存储在上述企业的粮食遭盗卖或抵押等，造成1.26亿元购粮款面临损失风险，其中2013年损失480.63万元。
截至2014年5月，中储粮下属大同直属库、介休直属库等3家单位决策失误或管理不善，与其合作开展粮食购销业务的2家企业累计拖欠粮食收购资金1.28亿元，面临损失风险。
其他损失金额较大的还有，截至2014年5月，中储粮下属黑龙江中储粮肇东直属库商品粮玉米购销业务经营不善，亏损4890.78万元。2013年，中储粮下属黑龙江中储粮米业有限公司将商品粮存放在简易仓中，导致粮食出现质量问题，造成损失703.91万元。
2012年至2013年，中储粮下属成都中储粮收储经销有限公司监管失职，造成合作粮油购销企业在收储国家临时储备油过程中牟取不正当利益279.62万元，其中2013年132.19万元。
2011年至2014年，中储粮下属黑龙江中储粮收储经销有限公司一次性支付3年租仓费539.87万元租赁的仓库长期闲置。
2008年至2013年，中储粮总公司下属林甸直属库等承储企业共发生安全责任事故6起，造成直接经济损失311.3万元。
综合以上数字，中储粮已经产生的损失超过8亿元，面临损失风险的资金超过4亿元。
对于上述损失，中储粮回应称，已对相关责任人进行问责、追索资金、向公安机关报案等措施进行整改。
中储粮除了承担政策性粮食收储任务外，也从事市场化经营活动，国家审计署的报告显示，中储粮的市场化业务效果不尽如人意。
2008~2013年，中储粮总公司先后直接投资和批复下属单位投资成立了40家米面加工企业，运营情况普遍较差。截至2013年底，仅有19家仍在生产经营（其中3家已资不抵债），其余21家已停产、对外租赁或处于闲置状态。
中储粮回应称，自2013年底开始，中储粮总公司在全系统推动米（面）加工企业改革改制和重点加工企业控亏增盈等工作，采取法人化改造、股份制改革、对外租赁、承包经营、低效无效资产处置等手段，确保国有资产保值增值。
近年来，中储粮饱受争议。2013年5~8月，中央第一巡视组对中储粮进行了巡视。巡视组称，中储粮存在基层腐败案件高发多发、虚报库存、掺杂作假等问题。当年10月，中储粮时任董事长包克辛卸任，原总经理赵双连接替61岁的包克辛任中储粮董事长，而中粮集团副总裁吕军任中储粮总经理。
新领导班子上任后，在内部大力整顿，收缩非主营业务，但是国家政策性粮油收储规模并未缩减，反而有所扩大。2014年，中储粮全年累计组织完成政策性收购近1.25亿吨，收购量创历史新高。天量的粮食收储，中储粮要解决内部管理不力和缺位的问题，仍然困难重重。
