农村分散式饮用水保护区内禁止清洗有农药残留容器
针对“一审稿”中，农村分散式饮用水水源保护监督方面的规定内容尚显不足，有组成人员认为应当增加农村分散式饮用水水源保护的内容。
法制委员会研究认为，条例使用范围从城乡集中式饮用水水源扩大到农村分散式饮用水水源，应当增加相应条款。因此建议增加规定“在分散式饮用水水源保护范围内，不得清洗盛农药容器、有农药残留的容器以及衣物；不得堆积肥料；不得从事规模化畜禽养殖等行为。”
此外，“二审稿”明确巡查制度：“乡镇人民政府、街道办事处应当组织和指导村（居）委会开展分散式饮用水水源保护范围巡查，发现问题，应当及时采取措施并向有关主管部门报告。”
加大对政府部门负责人违反法规的追责力度
有的组成人员提出，“一审稿”中法律责任部分处罚太轻，因此建议对情节严重的，不仅要罚款，而且要依法追究刑事责任。还有的组成人员提出，应当将主管部门和工作人员的责任分开，强化部门和工作人员的法律责任。根据组成人员的意见，“二审稿”对行政责任进行细化。对于未依法划定或者调整饮用水水源保护区的；未按照规定开展饮用水水源巡查、水质监测和评估的；未按照规定处置饮用水水源污染事故，造成严重后果的等几种违法行为，直接负责的政府部门主管人员和其他直接责任人将会被依法处分。（记者 黄娜娜）
