《办法》规定，各市（县）、区人民政府对本行政区域的食品安全监督管理工作负责，统一领导、指挥食品安全突发事件应对工作。政府主要负责人是本行政区域食品安全工作的第一责任人，分管负责人负直接领导责任。食品安全机关职能部门的主要负责人是本部门食品监督管理工作的第一责任人，分管负责人负直接领导责任，具体工作人员负直接责任。进一步明确了各市（县）、区人民政府，以及镇人民政府和街道办事处在食品安全监管工作方面的主要职责。
《办法》明确，各市（县）、区人民政府有下列行为之一的，应当追究失职失责党组织和领导干部责任。一是对发生在本行政区域内的食品安全事故，未及时组织协调有关部门进行有效处置，造成不良影响或者损失；二是对本行政区域内涉及多环节的区域性食品安全问题，未及时整治，造成不良影响或者损失；三是隐瞒、谎报、缓报食品安全事故；四是本行政区域内发生特别重大食品事故，或者连续发生重大食品安全事故。《办法》还进一步明确了市、县人民政府负有食品安全监督管理的其他成员部门应当追究相关人员责任的若干情形。
《办法》同时明确，具有下列情形之一的，可以免予追究责任。一是因不能预见、不能避免并不能克服的不可抗力致行政执法行为违法、不当或者无法履行法定职责的。二是在处置食品安全突发事件中，出于维护国家、集体或人民利益考虑，因事情紧迫、临机决断而出现失误和错误，没有造成重大损失或恶劣影响的；三是依法可以免予追究责任的其他情形。
