按照建立统一的食品安全监管机构的要求，草案规定县级以上人民政府统一领导食品安全监管和食品安全突发事件应对工作，县以上食品药品监管部门对食品生产、销售和餐饮服务进行统一监管。草案明确，县级以上人民政府及其食品药品监管等部门不履行本条例规定的食品监管职责，或在食品安全监督管理工作中玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予警告、记过或记大过处分。
为建立完善食品安全追溯体系，草案要求食品药品监管部门应当会同同级农业等有关部门建立食品安全全程追溯协作机制，建设食品、食用农产品安全追溯信息共享平台。
草案规定，通过网络食品交易第三方平台销售食品的，应当依法取得食品生产经营许可，并在网站首页或者经营活动主页面的显著位置公示其食品生产经营许可证、营业执照。发现食品安全问题的，立即停止提供网络交易平台服务，并向当地食品药品监管部门报告。
草案要求，实行食品小作坊登记制度和小餐饮、食品摊贩备案制度，引导小餐饮、小作坊集中经营、规范经营。
草案还要求优化整合政府食品检验资源，依法利用社会食品检验资源，规范食品检验行为，发挥食品检测发现食品安全隐患、预防食品安全事故发生的功能作用，并完善了食品生产经营者和政府及其所属部门食品安全责任约谈制度。
