重庆全市153个饮用水水源地环境问题覆盖面广，整治难度大，涉及生活面源污染45个、农业面源污染19个、交通穿越整治11个、码头整治10个、旅游餐饮整治8个、排污口整治6个、工业企业整治1个，其他问题53个。
为了确保按要求全面实现销号清零，全市各级各有关部门建立了问题清单整改销号制度，每月定期调度，坚持“整改一个、销号一个”。目前，主城区24个船舶、码头整治任务全面完成，餐饮趸船、违法码头等一批突出问题得到彻底解决，13个集中式饮用水水源地全面完成保护区划分、标志标牌设立、保护区内环境违法问题整治等工作，落实了“划、立、治”三项要求。主城外区县69个城市集中式饮用水源地中存在116项环境问题，包括一、二级保护区内生活面源污染、旅游餐饮、生活排污口、码头、农业面源污染等，在11月底前全面完成整治工作。
