抽检结果显示，微生物污染占不合格样品总量的29.6%，虽然较2017年、2016年分别下降了3.1个百分点、1.1个百分点，但仍然居不合格样品总量的第一位。2018年检出食品中微生物污染主要问题涉及桶装水中检出铜绿假单胞菌，不合格率为7.9%；藻类干制品、米粉制品菌落总数超标，不合格率分别为23.0%、14.0%；餐饮具中大肠菌群超标，不合格率为15.6%。
抽检结果显示，超范围、超限量使用食品添加剂占不合格样品总量的25.0%，虽然较2016年下降了8.6个百分点，但比2017年上升了1.1个百分点。2018年检出食品中超范围、超限量使用食品添加剂问题主要为粉丝粉条、油炸面制品（餐饮食品）铝残留超标，不合格率分别为4.7%、6.4%；腌渍食用菌和其他蔬菜制品超范围、超限量使用防腐剂抽检不合格率分别为9.5%和8.0%。
抽检结果显示，质量指标不符合标准占不合格样品总量的16.8%。2018年检出食品质量指标不符合标准主要涉及调味品呈味核苷酸二钠、氨基酸态氮、总酸不符合食品安全国家标准，不合格率依次为3.0%、2.9%、2.8%；饮料茶多酚不合格率为2.1%；炒货食品及坚果制品过氧化值超标，不合格率为2.0%。
抽检结果显示，农兽药残留不符合标准占不合格样品总量的15.4%。2018年检出食品中农药兽药残留不符合标准主要涉及个别禽类产品中检出禁用、限用兽药；鲜蛋、淡水虾、贝类中检出禁用兽药，不合格率分别为3.9%、2.4%、3.9%，部分蔬菜中还检出禁用农药。
抽检结果显示，重金属污染占不合格样品总量的7.6%，较2017年、2016年分别下降了0.2个百分点、0.6个百分点。2018年检出食品中重金属污染主要涉及个别食品中镉含量超标。报告指出，虽然重金属污染较前几年有下降趋势，但由于重金属在人体内具有蓄积性，食品中重金属超标问题仍应引起高度重视并采取干预措施。
报告还指出了当前我国食品安全存在的一些问题。一是食品安全供给具有较大的不平衡性。发达地区和城市的食品质量安全状况明显好于欠发达地区和农村，不同食品种类间的质量保障也具有不平衡性。以2018年为例，粮、油、蛋、奶等大宗食品和婴幼儿配方食品等18类食品的合格率高于平均水平，方便食品、冷冻饮品、特殊膳食食品等13类食品合格率低于平均水平。二是网络食品安全风险值得关注。近年来，在“互联网+”新经济形态快速发展的背景下，网络食品消费作为一种新的消费方式，正在悄然改变着传统的食品生产组织形态、经营管理模式，但网络食品消费在为消费者带来诸多便利的同时，也带来了一些风险，如何有效监督网络食品安全成为新课题。
报告还以中国食品辟谣网、各大主流门户网站等为主要数据资料来源，整理了175条典型的食品安全谣言与辟谣信息，分析了其特征，探讨了食品安全谣言的应对策略，包括加强对食品安全谣言的实时监测、拓宽食品安全辟谣信息发布渠道等，以消除食品安全谣言所产生的负面影响。报告同时强调指出，要通过构建科学的管理机制等，积极应对食源性疾病新情况，不断提升食源性疾病的风险治理能力。
