体系检查是对已取得食品生产许可证的保健食品生产企业全面“体检”，通过系统、全面的检查，证实企业必备条件是否符合食品安全法律法规及标准要求，体系是否有效运行。检查组依据《中华人民共和国食品安全法》、《安徽省食品安全条例》等法律法规以及《安徽省特殊食品生产企业体系检查管理办法（试行）》规定，通过听取企业情况介绍、现场核查、查阅资料等方式，对部分保健食品生产企业质量管理体系、机构与人员配置、厂房布局、设施设备管理、原辅料管理、生产管理、质量管理、库房管理、贮运及交付控制管理和检验管理进行系统检查，并现场对发现问题进行指导解决。
检查结束后，检查组对检查中发现的问题进行总结分析，并提出要求，要求企业严格落实食品安全主体责任，牢固树立质量安全意识、诚实守信意识，严格按照批准注册和备案配方、生产工艺、标签标识等要求组织生产，不断提升质量管控水平，主动消除食品安全风险隐患，提升企业风险防控能力。要求辖区市场监管部门要对体系检查发现的问题跟踪检查，限期整改，在验收合格后向市局提交整改情况报告。同时，要把本次体系检查中发现的问题作为日常监管重点，细化措施，强化责任，努力提高日常监管的针对性和有效性。
