2009年12月7日，欧盟食品安全局和日本食品安全委员会签署了搜集和共享今后风险评估工作所必需数据的合作备忘录。目前，农产品、动物和食品的运输和销售已经遍布全球，随之产生的食物链风险也是如此。确保联接一个更大的国际化数据群是欧盟食品安全局国际化策略的优先发展目标之一。
日本食品安全委员会是负责评估食物链风险和为风险管理部门如健康农业部提供独立科学建议的机构。备忘录签署后，日本食品安全委员会代理主席Takeshi Mikami博士会见了欧盟食品安全局的科学家，共同探讨了许多议题，如动物克隆、纳米技术、食品接触材料和食品污染物等。
2007年欧盟食品安全局首次和美国食品药品监督管理局签署了旨在促进共享科学数据和信息的合作备忘录。此次和日本签署的合作备忘录是欧盟在联盟范围外签署的进行国际化合作的第二份正式文件，标志着欧盟食品安全局在加强同世界范围内食品安全机构之间的合作、数据搜集和信息共享方面又前进了一步。
