中国食品安全体系中的政府主管部门有农业部、卫生部和国家出入境检验检疫主管部门，它们分别管理着涉及食品安全的各个领域。
农业部负责组织实施农业各产业产品及绿色食品的质量监督、认证和农业植物新品种的保护工作；组织协调种子、农药、兽药等农业投入品质量的监测、鉴定和执法监督管理；组织国内生产及进口种子、农药、兽药、有关肥料等产品的登记和农机安全监理工作、组织兽医医政、兽药药政药检工作；组织、监督对国内动植物的防疫、检疫工作，发布疫情并组织扑灭。
卫生部负责全国食品、化妆品、生活饮用水卫生监督管理。组织制订食品、化妆品、消毒产品、保健品等与健康相关产品的国家质量管理规范并负责产品审批认证。依法组织实施食品、化妆品、劳保、放射防护产品、饮用水以及消毒产品等与健康相关产品（民药品外）的国家监督抽检工作。
国家出入境检验检疫主管部门则负责对进出口食品的检验监督、组织实施对进出口食品及其生产单位的卫生注册、登记及对外注册管理。
