此前媒体称，公司董秘邓炜在2011年11月10日就“频繁跟股东沟通，透露二股东重啤集团有意减持”，公司今日澄清称，上述报道均非事实，同时根据公司于2011年12月31日获得的来自于重啤集团的书面回函，表示未有减持公司股份意向，同时没有减持公司股份情况发生。
尽管大股东表态“给力”，不过，重庆啤酒在2011年11月28日停牌前却发生了高管违规买卖股票事件。重庆啤酒11月24日宣布将于11月27日召开揭盲会议，并于11月28日起停牌。而在10月24日，公司董事龚治荣的账户以61.65元/股的均价买入800股，10月25日又通过上交所系统将上述800股卖出，均价为62.45元，根据情况说明，发生上述情况系龚治荣妻子在未告知龚治荣的情况下，擅自打开其账户买入公司股票，而其得知消息后在第二日将上述股份全部卖出。由于公司在2011年10月27日披露三季报，上述行为违反了相关规定，并构成短线交易。根据规定，龚治荣的违规收益将归公司所有，目前其已主动向公司上缴了违规收益640元。
同时，重庆啤酒对（合成肽）乙型肝炎疫苗II期临床试验在NCTS网站进行注册的情况进行说明，并对媒体质疑的公司在2011年11月23日，即“揭盲前夜”修改实验方案的说法做出说明。据报道，在上述网站2011年9月29日更新的数据当中，乙肝疫苗II期的主要疗效指标是“76周时的病毒学应答”，但在2011年11月23日被修改为“76周时发生HBeAg/抗HBe血清转换的患者比例”，即后来重庆啤酒在12月8日复牌时披露的指标。
对此，公司说明，上述方案修订主要是将HBeAg/HBeAb血清转换率观察指标由次要疗效指标变更为主要疗效指标，并指出之所以进行修订，系依据最新版本的国际和国内的指导原则及《慢性乙型肝炎抗病毒治疗专家共识》（2010年）之三等进行的修订。同时称该临床方案的修订程序完全符合国家药监局的要求。
