穆斯林在中国医药学的贡献尤为显著，主要表现为：阿拉伯药材、药方、医药知识的输入，医药书籍的引进和编写，从古至今各族穆斯林医家的医疗实践。
(一)阿拉伯药材、药方的输入
阿拉伯药材、药方的输入，最早始于唐宋。唐代广州、扬州，既是蕃商汇聚之处，也是规模巨大的香料市场。《唐大和尚东征传》记天宝年间事说，广州江中穆斯林的商船“不知其数，并载香药珍宝，积载如山，其船深六七丈”。宋代阿拉伯药材进口的种类更多，数量更大。《宋史》卷490《大食传》记阿拉伯地区穆斯林屡贡方物，据有明文可考者初步统计，自开宝元年(968)至乾道四年(1168)，阿拉伯使臣或商人先后入贡49次，平均约每4年一次。在其所贡方物中，阿拉伯药材占很大比重。南宋嘉定至宝庆(1208-1227)年间任福建路市舶提举的赵汝适，在所撰写的《诸蕃志》中，记载输入中国的大食国产药材17种：乳香(一名“薰陆香”)、没药、血碣、苏合香油、桅子花、蔷薇水、丁香、没石子、木香、阿魏、芦荟、珊瑚树、琉璃、真珠、象牙、腽肭脐、龙涎等。它们都直接为中国医药学家所采用。太平兴国七年(982)闰十二月，宋太宗诏令颂市舶开放通告药物37种。这些药物之通告于中国，也大多依赖于来华经商的穆斯林。来华的阿拉伯药材不仅种类多，数量也很大。据《宋史》记载，宋初入贡的乳香动辄万斤，其它香药也少则数百斤，多则上万斤，甚至多达15万斤。《宋会要》所载阿拉伯输入中国的药物尤多。
随着阿拉伯药材的大量输入，阿拉伯医方也传入中国。《千斤翼方》卷12中，收有波斯医方“悖散汤”；《大观本草》卷9，收有唐代诃陵国舶主李摩诃所献医方“补骨脂方”。此外，在中国医方中，还出现了许多以阿拉伯药材为主的药剂，如《圣济总录》中，仅“诸风”一门即有乳香丸8种，乳香散3种，乳香丹1种；木香丸5种；木香汤1种；没药丸5种，没药散2种；安息香丸2种；肉豆蔻丸1种。又如《太平惠民和剂局方》中，以阿拉伯香药为主并以这标名的方剂，绍兴元年(1131)以前有10种，绍兴年间(1131-1162)续添3种，宝庆年间(1225-1227)再增4种，淳祜年间(1241-1252)续增18种。可见这些阿拉伯香药在中国方剂中的地位，随着中国医家对它们的认识和了解而不断地提高和发展。这些以阿拉伯香药为主的药剂及那些阿拉伯医方，在不断地丰富着中国医方的内容，增加着中国医药家的医药知识。因此，我们认为阿拉伯药材与医方的入华，是穆斯林对中国医学界的一大贡献。
(二)医学著作的引进和编写
阿拉伯医学著作，大约始于公元9世纪中叶。从那时起，出现了一大批用阿拉伯语写作的医学著作家，如阿里•泰伯里、拉齐、阿里•伊本•阿拔斯•麦朱西、伊本•西那等等。它们以自己富于创造性的工作和杰出的医学论著，驰名全世界。
阿拉伯人阿布尔•法拉兹•伊本•阿布•雅卡布•纳丁写于公元988年的《科学书目》中，记述了名医拉齐(865-925)亲身经历的一件实事：一位中国学者到阿拉伯学习医学，住在拉齐的家里。在回国之前，他请拉齐为他读古希腊医学家盖伦(129-199)的被译成阿拉伯文的医著16卷，他以中国的速写法准确无误地将全文记录下来并带回中国。李约瑟在《中国科学技术史》第1卷第2分册中，也转述了这件事。这说明，起码在公元10世纪初叶，中国学者便在阿拉伯穆斯林的帮助下，将盖伦的医著引进了中国。
《元秘书监志》卷7所列“回回书籍”中，有《忒必医经》13部。按“忒必”，系阿拉伯语Tibb的音译。据我们所知，阿拉伯文医著名称中有Tibb一词的，有拉齐的《曼苏尔医书》，阿里•伊本•阿拔斯、麦朱西(？-994)的《医学全书》，伊本•西那(98-1037)的《医典》。这13部《忒必医经》，究竟是上述3部中的那一部，尚待考定；但无论如何，它对当时中国医学的发展必然起过有益的影响。
中国穆斯林编写的医药著作，首推五代时李{王旬}的《海药本章》6卷。在这部著作中，李{王旬}向人们介绍了15种海外新药：金石类的车渠、金线矾、波斯白矾；草类的瓶香、宜男草、藤黄；谷类的师草子；果类的药木面；木类的返魂香、海红豆、落雁木、奴会木、无名木；虫类的海蚕；介类的郎君子。书中，作者对这些海外新药的名称、形状、气味、功效、主治等予以全面的介绍，令中国医药家开眼界长见识，为中国本草药物增添了新药剂，从而丰富了中国古代医方。
李{王旬}是位治学严谨的海外药物学家。他对前人不因循，不盲从，对海药一一如实探究。补前人之不足，正前人之失误。我们可从《海药本草》中举出许多这类实例。如草犀，陈藏器的《本草拾遗》说，此药“煮汁服之，能解诸毒”；李{王旬}补充说，此药研烧服之，受毒临死者也得活。苟酱，《唐本草》谓其能“下气，温中，破积痰”；孟诜的《食疗本草》谓其可“散结气、心腹冷痛、消谷”；李{王旬}补充说，它还可治“胃弱虚泄，霍乱吐逆，解酒食味。”《本草拾遗》误称迷迭香“性温无毒，烧之去鬼”；李{王旬}正之曰：该药“性平不温”，“合羌活丸烧之辟蚊蚋”。《唐本草》称{艹奄}摩勒“甘寒无毒”；李{王旬}纠正说该药“苦酸甘微寒涩”。这类补充和纠正，对中国药物学的积极作用是显而易见的。
传统中药学认为，中医药物各有气味、属性、归经、相反、相忌等药理作用，一起服用可能会在人体中产生不同的影响，导致人们阴阳之气不平衡而易生病。因此，古代名医引仲景、孙思邈(581-682)都主张“人体平和，惟须如将养，勿妄服药。药势偏有所助，令人脏气不平，易受外患”。(《千金食治•序论》)那么，海外药物是否也具有这种药理作用呢？李{王旬}运用这种理论对海药一一进行分析，取得了成功。如初骨脂“恶甘草”，二者不可一起服用；零陵香药也有“偏性”，多服可使人有气喘的副作用；延胡索与三棱、龟甲、大黄等药物有相顺相合的作用，一起使用“甚良”。这样，李{王旬}将中国传统的药物学理论成功地应用到海外本草药物，从而验证和丰富了这种理论的科学性。
除《海药本草》外，中国穆斯林历史上的医著还有：《回回药方》36卷；《萨德弥实瑞竹堂经验方》15卷。前者残本现存北京图书馆，4册，原书为汉方，附有一些波斯文。后者已失传，见钱大昕(1728-1804)《补元史•艺文志》。这两部医著，均出自元代穆斯林医药家之手。
(三)穆斯林医家的医疗实践
我们可把穆斯林医家的医疗实践分为三种：卖药、传方、行医。
1.穆斯林药商唐宋以来，随大批阿拉伯药材的输入中国，不少穆斯林在中国开设药铺或沿街售药，留下不少佳话在民间传布。《旧唐书》中记载，波斯李苏沙曾献沉香亭子，后归化中国，成为最早在中国贩卖香药的穆斯林药商之一。成书于北宋的《太平广记》卷28《纪闻》中，记有唐代阿拉伯“胡商”在长安开药铺的事实，说当时药贩们的药“有难求未备者”，就天天到市邸药铺去找“胡商”，从他们那里“觅之”。《茅亭客话》卷2说，五代时李{王旬}的兄弟李{王玄}“以鬻香药为业”，晚年家无余财，“唯道书、药襄而已”。元代王沂在其《伊滨集》中收有一首《老胡卖药歌》，生动形象地记述了一位年逾80的“西域贾胡”，作为走方郎中在城市中卖药行医，为民治病解难的事迹。这位“老胡”医术高明，所售之药深受人们信赖。大家“闻掷铜铃竞来集”，售药的铜铃一响，人们竞相来购；特别是他熬制的金丝膏药，更受人们欢迎。到了明、清时代，王回回狗皮膏药、马思远药锭、白敬宇眼药，在北京、河北地区闻名遐迩，迄今仍为广大患者欢迎。
2.传授药方
穆斯林在中国直接传授药方之事，也是有的。苏颂的《图经本草》中记述了这样一件事：郑相国为南海节度时，已是75岁高龄。越地阜湿的环境，使这位老人伤于内外，众疾俱作，久医无效。恰在此时，有诃陵国舶主李摩诃向他传授了补骨脂方和药，使他很快便恢复了健康。李摩诃，是阿拉伯语的汉文音译，穆斯林的常用名。阿拉伯医方经穆斯林之手直接传入中国，为中国人所用，绝不会仅此一例的。
3.行医
元代穆斯林行医者甚多。上举走街串巷的波斯老胡，售药行医，属于那种民间的走方郎中。这类走方郎中，以其高明医术为中国民众服务，深受人们爱戴。元代陶宗仪在《南村辍耕录》卷22中，记“西域奇术”两则，其第二则讲的就是这类民间回回郎中的事迹。“夏雪蓑云：尝于平江闾门见过客马腹膨胀倒地，店中偶有老回回见之，于左腿内割取小块出，不知何物也，其马随起即骑而去。信西域多奇术哉！”
除民间医生外，元代还有回回医官。元政府曾在太医院下面设立广惠司，专门负责配制御用回回药物及和剂，以治疗患病的卫士及在京孤寒之人。至元二十九年(1292)，又分别在大都、上都建立了回回药物院；至治二年(1322)，将这两个回回药物院隶属广惠司。在广惠司等机构中，聚集着一批回回名医，如答里麻等，以高明的医术为人们解除病痛。
元代《山居新语》卷1中，记广惠司回回医官治疗奇症事一例：某驸马忽然得一怪症，坠马后“两眼黑睛皆无，而舌出至胸，诸医束手”。这时广惠司一位回回医官挺身而出，“以剪刀剪去长舌，又在舌两侧各去一指许，用药涂之而愈。剪下之舌尚存，亦异证也。广惠司者，回回医人隶焉。”《南村辍耕录》所记第一则“西域奇术”，讲的也是这类官医的事迹：“任子昭云：向寓都下时，邻家儿患头痛，不可忍。有回回医官，用刀划开额上，取一小蟹，坚硬如石，尚能活动，倾焉方死，疼亦遄止。当求得蟹，至今藏之。”