胡萝卜分叉是主根(肉质根)生长受到抑制而不定根生长的结果。正常情况下，不定根只有吸收水分和养分的作用，但如果胡萝卜的主根受到破坏或生长受阻，不定根就会累积养分而膨大。
引起胡萝卜肉质根分叉的原因主要有以下五方面：
1、种子质量
陈种子生活力较弱，发芽不良，影响到幼根先端的生长，有的胚根受到破坏，易产生分叉；雨季收获的种子由于授粉不良，易形成无胚或胚发育不良的种子，播种这些种子，肉质根易产生分叉。
2、土壤
土壤中有碎石、砖、瓦块、树根等坚硬物阻碍主根生长，会产生分叉；耕作层浅而坚硬的地块主根易生长受阻，促使不定根生长发育，产生分叉。
3、施肥
施肥过量或施肥不均匀，有可能导致胡萝卜根尖部位土壤EC值过高，主根的根尖受高浓度的土壤离子浓度影响而促使不定根生长引起胡萝卜分叉。
4、管理不当
浇水不合理，在胡萝卜主根膨大期如果遇干旱天气而不浇水，会使土壤过度坚硬而主根下扎不下去形成分叉，这点在浇水时浇不透水或地势较高处分叉现象表现尤其明显。
5、地下害虫为害
蝼蛄、蛴螬等地下害虫对胡萝卜的主根咬食，使主根受到破坏，促使不定根生长造成分叉。
防止胡萝卜肉质根分叉的方法：
1、选择肉质根顺直耐分叉的优质高产品种，如日本新黑田五寸人参、红誉五寸等。
2、购种时要选择新鲜饱满发育完全的种子。
3、地块要深耕细耙，深耕不浅于25～30厘米，纵横细耙2～3次，力争土细；整地时不要漏耕漏耙，特别是地边地头。同时要注意捡出地里的碎砖、瓦、石块和树根等杂物。
4、要注意关键时期合理浇水，浇水时做到浇透，切记浇“跑马水”。
5、有机肥要充分腐熟，施肥时要力争撒施均匀。
6、注意及时防治地下害虫，避免其为害。