洋葱主要病害是霜霉病、灰霉病、锈病和软腐病，应及早防治。
霜霉病和灰霉病 霜霉病主要危害洋葱外叶和花梗，发病适宜温度为10～20℃，4～5月或11～12月均可发病。病初感病植株外叶上出现长圆形或带状凹陷病斑，病斑中央深黄色，空气湿度增大时病斑上有白色霜霉。气温较高时病株生长矮缩，叶片常从病斑处扭曲，最后全株枯死。灰霉病主要危害洋葱叶片。病初叶片上产生白色小点，严重时小白点多达数百个，最后叶片出现灰色霉层，进而腐烂。防治洋葱霜霉病和灰霉病的方法相似。农业措施：清理沟系，做到明水能排，暗水能滤；施用腐熟有机肥，增施磷钾肥。化学措施：用多氧清（3%多抗霉素水剂）600～800倍液喷雾，隔7～10天喷一次，连续防治3～4次；或者用30%恶霉灵水剂1000～1500倍液灌根或喷雾；也可以用25%甲霜灵可湿性粉剂500倍液或75%百菌清可湿性粉剂800倍液喷雾。
锈病 气温较低或肥力不足时洋葱易感染锈病。病初在叶片和假茎上出现浅黄色椭圆形凸斑，后期病部表皮破裂，散出黄褐色铁锈状粉末。防治洋葱锈病，可用15%三唑酮可湿性粉剂2000倍液或70%代森锰锌可湿性粉剂1000倍液喷雾。同时，每亩用普K作物杀菌修复液20毫升加水40公斤喷雾。
软腐病 洋葱软腐病为细菌性病害，病菌从伤口侵入。病叶下部有乳白色斑点，叶尖先变黄，并向下延伸，叶鞘基部软化腐烂，鳞茎呈水渍状腐烂、有臭味，有的整株变黄枯死；也有从葱头颈部开始腐烂，以后蔓延至全株。农业措施：防治害虫，减少伤口；拔除病株，用石灰或硫磺粉对病穴消毒。化学措施：每亩用普K作物杀菌修复液20毫升加水40公斤喷雾；或者在发病初期用90%新植霉素可湿性粉剂5000倍液喷施。