1.肥害。大棚蔬菜施用氮肥过多后，特别是碳酸氢铵，造成有毒气体迸发危害，引发蔬菜缺素症，抑制蔬菜根系发育，在大棚密封的情况下，易使蔬菜叶片烧焦。
2.药害。选用农药品种不对路或在封闭大棚的状态下使用草甘磷除草剂后，挥发出的药液危害叶片，导致叶片产生焦斑，严重的出现整株枯萎。
3.旱害。蔬菜大棚选址不当，缺乏水源，干旱时不能有足够的水源供应，给蔬菜的正常生长带来严重影响。
4.盐害。大棚内施用化肥过多和密封年份太多，造成作物吸收肥料后剩余的盐离子越结越多，产生盐害。
5.连作障碍。在同一大棚内，年年或季季种同一类别的蔬菜，而产量和品质逐年下降。造成土壤病原菌的积累，引起病害造成死苗，如西瓜枯萎病，辣椒青枯病等。
大棚蔬菜预防五害，可注意以下几点：一是选好棚址，大棚附近要有充足和没被污染的水源。二是要平衡配方施肥，多施腐熟的有机肥，少施化肥。三是要科学用药，选准对口农药，尽量少用灭生性的除草剂。四是要轮作换茬，改良土壤，选用土壤重茬剂，及时补充微量元素。五是在夏天要尽量去掉棚膜，这样土壤被雨水淋后，能有效减轻土壤返盐，必要时可灌溉洗盐。