一、结合整地，深翻施肥
地要整平，整细，并结合整地采取深翻施肥，翻地一般应在25～30厘米深，借整地的机会，最好把鸡粪、牛粪一起施入地下，以便借高温杀死有机肥中的病菌。鸡粪、干牛粪还有提高地温和维持地温的作用，可增强杀菌效果。将地深翻耙平后，再按照作物的种植方式起垄或做成高低畦，这样可使地膜与地面之间形成一个小空间，有利于提高地温。
二、足水浇灌，增加湿度
土壤的含水量与杀菌效果密切相关，实践证明，土壤含水量过低，达不到好的杀菌效果。一般土壤含水量达到田间最大持水量的60%时效果最好，一般灌溉的水面高于地面3～5厘米为宜。结合灌水每亩施用新朝阳免深耕肥2公斤，以增加土壤的透气性。
三、药物处理，灭菌杀虫
对往年有死棵现象的大棚，每亩可用死棵灵2～3公斤与5公斤碳酸氢铵混合后，撒在地上深翻10～15厘米深后浇大水，也可用石灰氮进行地膜覆盖土壤消毒，以杀死土壤中的病菌。此外，在密闭大棚之前，棚体内表面再喷施一次死棵灵杀菌剂和杀虫剂，以杀死躲在墙缝中的病菌和害虫。
四、密闭大棚，提高地温
用大棚膜和地膜进行双层覆盖，严格保持大棚的密闭性，在这样的条件下处理，地表下10厘米处最高地温可达70℃，20厘米深处的地温可达45℃以上，这样高的地温杀菌率可达80%以上。
五、适当延长闷棚时间
绝大多数病菌不耐高温，经过10多天的热处理即可被杀死，如一些立枯病病菌、黄瓜的菌核病病菌、黄瓜疫病病菌、茄子黄萎病病菌等都不太耐高温。但是也有的病菌特别耐高温，如根腐病病菌、根肿病病菌和枯萎病病菌等一些深根性土传病菌，由于其分布的土层深，必须处理30～50天才能达到较好的效果。因此，进行土壤消毒时，应根据棚内所种作物及其相应病菌的抗热能力来确定消毒时间。
六、闷棚后的处理
高温闷棚对不超过15厘米深的土壤效果最好，对超过20厘米深的土壤消毒效果较差，因此，土壤消毒后最好不要再耕翻，即使耕翻也应局限于10厘米的深度。否则，会将下面土壤的病菌重新翻上来，发生再污染。高温闷棚虽不能对大棚进行彻底灭菌，可是却能大幅度降低田间的病菌密度，大大减少作物发病的机会。对有根结线虫的大棚，闷棚后在用底肥时，每亩可用阿维菌素有机肥或克线蛆菌有机肥400公斤，可以基本上消除根结线虫的危害。