及时清理料面 子实体菌盖直径达１～1.5厘米、菌柄长14～15厘米时采收，采收后及时清除料面上残留的菇脚及小菇，剔除个别料面上板结的老菌丝，尽量减少机械损伤，保护好原有菇原基。
适当通风降温 在出菇阶段，为了采收到盖小、柄长、色浅、肥嫩的优质金针菇，一般在菌袋上覆盖一层地膜，以保证金针菇生长所需的湿度，并创造一个二氧化碳浓度较高的微环境。但高湿度、高二氧化碳浓度又不利于重新催蕾，可在早晚揭膜通风透气，使其尽快形成原基，加速转潮。
给予微弱的散射光 金针菇完全可在黑暗环境中形成菇原基，但形成的数量远不及在微弱散射光环境下形成的多，因而在转潮时要给予一定的散射光，“三分阳、七分阴”的环境可加快菇原基分化，使其形成菇蕾。
合理调控温度 金针菇原基形成的最适温度为13℃～15℃。如果气温偏高，可在菇房空闲地加大喷水量，全面通风降温。应注意的是，温度高时湿度不能太大，否则会使菇脚变黑，绒毛增多，进而引起病害。如果气温偏低，可以喷洒热水或给菇房加温，以避免因温差过大而延缓菇原基的形成，影响菇蕾的生长，不利于转潮。
培养料的含水量要适宜 培养料的含水量必须达65％～70％时才能保证其正常生长及后期顺利转潮。如果培养料较干，可一次在袋内加入较多的清水，２～４个小时后倒出多余的水，每袋补充50～100毫升即可。
掉头出菇 第二潮菇采摘后，应掉头在另一端出菇，可使转潮加快，产量与第一潮菇相当。但要注意的是，菌丝没有发透或有杂菌感染的菌袋不宜掉头出菇。
防四周出菇 袋栽金针菇常出现四周出菇，中间没有或很少出菇的现象，可在培养料中加入20％的杂木屑，不仅可防止四周出菇，还能促进菇原基的形成。