位于接穗和基砧之间的一段砧木。用于二重或多重嫁接，其成苗称中间砧果苗。果苗由品种接穗、中间砧、基砧3部分组成。由于矮化砧繁殖困难，繁殖系数低，根系发育较差，所以将具有某种特性的砧木枝条用作中间砧，利用基砧根系发达，固地性、抗性、适应性强，采种繁殖容易等和矮化砧木对接穗的影响，共同作用于接穗品种，以达到矮化树冠。
苗木的常规培育过程是，选择当地适宜的苹果实生砧木作基砧，在实生苗近地面处嫁接矮化砧木作中间砧，翌年再于矮化中间砧枝段的25-35cm处嫁接苹果品种，培养出成苗。采取二重枝接或分段芽接方法培育矮化中间砧苹果苗木，育苗期缩短1年，但操作技术较为复杂。中间砧的长度在一定范围内与矮化、早果效应呈正相关，因此其长度不应短于25cm。