一、农业防治
（一）调控棚内温、湿度。采用地面传统畦灌方式的，在棚内两端各挂一只温温度计，定时测定观察棚内温、湿度，以确定放风降温及盖帘增温。白天棚内温度控制在23℃～27℃，夜间温度控制在16℃～20℃，空气相对湿度控制在70％～80％。当外界气温大于15℃时，逐渐昼夜通风，在棚前端放底风，由小到大。每隔两米揭一风口，用砖平放支撑呈A形口，当外界气温平均升至16℃时，砖横放（10厘米高），19℃～21℃时，砖竖放（20厘米高）。随着棚内温度上升情况，进行放腰风和顶风，或覆盖遮阳网。放风必须平稳，棚内温度在短时间内不要大起大落。
（二）人工操作消毒。在缓冲间与进大棚门前建长1.2米、宽1米的草垫石灰消毒池，每15天撒一次生石灰，保持池内湿润，进大棚作业双脚通过池内消毒，防止携带外界菌源。摘收果实时戴乳胶手套，用消毒液浸泡过的剪刀剪果。配备0.5％的高锰酸钾消毒液桶，如摘剪到病果后随即用其消毒剪刀和乳胶手套，防止病菌接触浸染传播。
（三）增施磷、钾肥。用2％的磷酸二氢钾溶液微喷茎叶，每亩用肥液30公斤，每7天进行一次，以提高植株的抗病能力。
（四）覆草降湿。在青椒大行间铺3～5厘米厚的麦桔或麦糠，可吸潮隔湿，降低棚内空气湿度，抑制病害的滋生发展危害。
二、农药防治
（一）疫病防治。青椒定植成活后，用64％的杀毒矾400倍液、72％的甲霜灵锰锌500倍液、72％的杜邦克露700倍液交替进行喷施，每7天喷一次，连喷2～3次。
（二）灰霉病及菌核病防治。门椒到对椒时期喷施20％的绿帝400倍液或速克灵1200倍液防治灰霉病；喷施40％的哇灵400倍液或使百功1500倍液防治菌核病。
（三）软腐病防治。在初花期及收获后期都应加强病情监测，可用77％的可杀得700倍液与72％的农用链霉素3000倍液交替喷施，以植株不滴药液为宜。
（四）炭疽病防治。进入结果期，用75％的百菌清400倍液或70％的甲基托布津800倍液进行喷施，该病盛发期用新万生300倍液进行喷施，以值株不滴药为宜。
（五）绵腐病防治。晴天可用64％的杀毒矾400倍液进行喷施，阴雨天或棚内湿度大时（大于85％）用20％的百霉速克烟雾剂熏蒸，每亩用250～300克，傍晚封闭棚室，点燃药剂，翌日日出后下风口放风排气，方可进棚作业。