大豆孢囊线虫是寄生在根的皮层中，吸收地上植株输送给根部的有机营养，使大豆根系失去吸收水和无机盐所需的能力，进而使植株根部吸收能力下降，地上部分得不到足够的水和无机盐，不能很好地进行光合作用，不能合成有机物供根、茎、叶生长所需。从而影响大豆的生长发育。可采取以下几种方法进行防治：
1、对大豆孢囊线虫发生严重的地区，应从长久考虑，采用与禾谷类作物3a以上轮作的方式来从根本上解决。
2、增施粪肥，加强中耕管理。采取前茬深翻，中耕深松，加强铲耥及增施粪肥等措施，增强土壤通透增温性能及养分含量。促进大豆根系生长，降低大豆孢囊线虫对大豆的危害。
3、对大豆孢囊线虫发生严重的地块，最好是用5%呋喃丹颗粒剂拌种肥，用量为1公斤/667平方米，能达到良好的防效，也可用大豆种衣剂按种子量的1%拌种来防治。
4、对没有拌种、拌肥防治的地块，可在6月中、下旬，大豆叶片出现黄色症状时，采用内吸性杀菌剂，如氧化乐果、大豆种衣剂等，叶片喷施。具体做法是：施40%氧化乐果100-150毫升或大豆种衣剂80-100毫升对水16公斤，直接喷在受害植株上。