一、生长期药剂防治：在苹果生长期，应抓住三个关键用药时期：①花芽膨大至露红期。结合防治苹果白粉病等，可选择渗透性、治疗性较好的杀菌剂，如：30%苯醚甲环唑·丙环唑悬浮剂1000~1500倍液或430克/升戊唑醇悬浮剂2000~3000倍液，1.5%噻霉酮水乳剂500倍液，以铲除枝干、干枯枝上产生的病菌分生孢子。②初花期。选择对坐果无影响的杀菌剂喷施，以消灭花器上的病菌。如3%多抗霉素水剂400倍液，或4%农抗120水剂600~800倍液，80%代森锰锌可湿性粉剂700倍液。③幼果期。这是防治霉心病的关键时期，应在苹果落花后10天选择内吸性杀菌剂，结合防治苹果轮纹病、炭疽病，喷洒430克/升戊唑醇悬浮剂4000~5000倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂3000~4000倍液，70%乙磷铝·锰锌可湿性粉剂1000倍液。
二、采收后防治：对那些硬度差、果面缺乏光泽的果实，应剔除掉，杜绝入库。有条件者，可先在10℃~15℃的库内短期预贮，剔除发病果后，再放入气调冷库中贮藏。