菠萝采收后仍然进行着新陈代谢过程，其中以呼吸作用较旺盛，菠萝果实淀粉和含糖量都逐渐下降，果肉组织逐步变软，果实品质达最佳水准后即逐渐下降，以致过熟、衰败腐烂。由于菠萝主要在高温季节成熟，给贮藏保鲜带来很大困难。目前应用的贮藏保鲜主要有低温同藏法，气调贮藏法和药剂保鲜法。
(一)低温贮藏法 主要是通过降低温度来抑制呼吸作用，达到贮藏保鲜的目的。菠萝果实对贮藏温度的反应与菠萝果实的成熟度有关，若将采收时没有一点黄色的全绿果实贮藏于10℃温度下，则极易产生冷害。据美国夏威夷试验结果，在7℃时最大贮藏寿命四个星期，印度推荐的贮运适温是8℃，南非则推荐8.5℃。
(二)气调贮藏法 主要是通过减少贮藏库中的含氧量和适当的低温来抑制呼吸作用达到保鲜的目的。据美国夏威夷大学研究由2%氧气和98%氮气组成的气调大气，在7.2℃温度下，可以延长菠萝的保鲜期。
(三)药物保鲜法 据报道，把一半成熟的菠萝在100ppm2，4，5－T液中浸泡后，在常温下可保鲜6～14天。另据报道，将25%小果变黄的菠萝用100ppm萘乙酸钠盐溶液浸湿后，在室温下贮藏9天，这些果只有50%小果变黄，能保持菠萝特有的风味和果肉组织的正常结构。用300ppm度的苯莱特浸果柄新鲜切口，可有效地防止从切口入侵的各类病菌。