冬瓜的贮藏方法比较简便，可以在室内地面堆藏和室外大棚堆藏，也可在库内架贮，窖洞内窖藏，甚至还可以挂藏。
堆藏：在地面上先铺一层细沙或麦秆、稻草，然后在上面堆瓜果，一般采用“品”字形堆放或2-3层平铺堆放；也可使瓜柄朝上，一个挨一个地摆放一层。但不论采用哪种摆放形式，都要适当地留出走道，以便检查。装筐堆藏，筐不得装得太满，离筐口应留一个瓜的空隙，以利通风和避免挤压，瓜筐堆放可采用骑马式，以3-4个筐高为宜。
贮藏前期，外界气温较高，要在晚上打开窗口通风换气，白天关闭遮阴，避免日光直接照射。室内空气要新鲜干燥，并保持凉爽。外界气温较低时，特别是到了严寒冬季，要关闭门窗，注意防寒。温度应保持在0℃以上。适宜温度为10℃左右，相对湿度70%-75%，贮藏期限可达2-3个月。
架式贮藏：把冬瓜摆放在库房的贮架上，下面铺上一层草包，上面摆放冬瓜，摆放的方法是瓜蒂朝下，瓜脐向上。此种摆法散热好，检查方便。