一忌不同品种混放。水稻品种较多，不同品种的生育期有长有短，播种期有早有迟，如果混放在一起，容易弄错播种期，影响水稻的产量。不同品种应该分囤贮藏或者分袋贮藏，并要做好品种标记。
二忌稻种含水量过高。稻种安全贮藏的含水量警戒线为12.5-13%.如果含水量过高，贮藏期间稻种的呼吸作用增强，容易发热霉变、腐烂变质，这会降低种子发芽率。
三忌直接放在地上。不管用什么容器装稻种，都不能把稻种直接放在地上。一般情况下地面都比较潮湿，直接放在地上的稻种容易因为受潮而发生霉变，这也会降低种子的发芽率。
四忌烟气熏蒸。在贮藏期间如果长时间地被烟气熏蒸，一会降低稻种的发芽率，二会影响稻种播种后秧苗期秧苗的长势。
五忌与农药化肥混贮。农药和化肥都有容易挥发的特性，它们如果与种子混合贮藏，会导致种子中毒，种子的生命力也会因此而大大降低。
六忌长期不翻晒。稻种贮藏时间长了容易吸收空气中的水分，若长期不翻晒，就会引起发热霉变，也容易遭到虫蛀。