一、控温控湿法 将适时采摘的辣椒轻放入专用鲜贮塑料袋或硅窗袋中，每5－10kg装一袋。同时应注意避免碰倒辣椒。入库前应在室温下预冷1－2天，将开始转红、有机械操作的辣椒和嫩椒挑出，后放入阴凉的仓室内。堆放时不宜过高过重以防压坏下面的辣椒，最好应搭架分层分格堆放。同时应使仓室内的温度控制在5－10℃，相对湿度控制在85％左右，尤其应注意在春天时，仓室内的温度不能超过8℃，相对湿度不应大于80％。期间做好贮藏检查管理工作，及时挑选出烂果。
二、砂藏法 首先应选择比较阴凉的地方，后挖宽1m，深1m，长度不限的沟。并将挖出的土培垒在沟的四周，使沟的总深度在1.3m左右。并在沟底铺一层3cm厚的选净了的潮湿细砂，后摆一层辣椒，撒一层细砂将辣椒盖住，共摆5－6层。再在上面盖约6cm厚的潮湿细砂，这样使沟内保持80％左右的相对湿度。最后在沟顶横放竹竿，在竹竿上放草垫。最初在沟顶横放竹午，在竹竿上放草垫。最初在白天盖上草垫，晚上揭去草垫。但随着沟内温度的下降，晚上可不再揭草垫，且还要逐渐加厚草垫，以使沟内的温度保持在5－8℃左右。每隔15天翻动一次，拣选出不宜再继续贮藏的辣椒上市销售或自己食用。
三、窖内盖藏 先挖一个半地下式的贮藏窖，窖的大小可根据贮藏的辣椒量的多少而定。把选好的辣椒装入垫有纸的竹筐中，放入窖内，后用湿草席围在竹筐的四周和盖在筐顶。草席干后要及时喷水，使窖内的相对湿度保持在80％左右，温度保持在5－8℃。这与砂藏法的要求相同。
用上述几种方法，可使夏收辣椒贮藏保鲜2个多月左右，秋种冬收的辣椒可贮藏更长的时间，达3个多月。