大棚双孢菇越冬期一般指当年冬至以后到翌年惊蛰这段时期。这段时期时间长、气温低，菌丝处于极缓慢或停止生长阶段，有时虽有少量子实体产生，但生产上无多大意义。可视菌层干湿程度采用干越冬和湿越冬两种方法管理。
干越冬是指大棚双孢菇在整个越冬期停水，使菇床通风干燥，等待翌年春季管理。
湿越冬是指秋菇生产结束后，床面停止用水，菇棚通风10天至半个月，让覆土基本干燥。菌床上面打孔，并松动覆土层，使菌层成蜂窝状。拣掉残根死菇，平整床面，补上覆土，调水至土层潮湿为止。调水结束盖上新鲜草木灰，每平方米为2～2.25千克。在晴天、无风天气，应将菇棚南窗打开2～3小时，在阴天、寒冷天气，每2～3天开一次窗，时间可以短些，以保持菇棚空气新鲜。待春节以后，每平方米床面用10千克5%澄清石灰水重调一次，然后按上述办法通风换气，直至大棚双孢菇春季管理为止。