鸭曲霉菌病的病原一般认为是致病力最强的烟曲霉菌。曲霉菌广泛存在于自然界，常污染垫草和饲料，其孢子可随空气传播。健康鸭通过吸入含有霉菌孢子的空气或采食染菌饲料而经呼吸道或消化道感染。在种蛋孵化过程中，霉菌还可穿透蛋壳而使初生鸭感染。成年鸭多散发。饲养管理不善，饲料粗劣，鸭舍通风不良和高密度饲养，以及卫生条件不良是本病暴发的主要诱因。本病的特征是在肺及气囊发生炎症和形成肉芽肿结节为主。
科学的饲养管理是预防本病的最好办法。加强饲料贮存和保管工作，保持饲料新鲜，不使用过期、发霉的饲料；保持合理的饲养密度，保持圈舍通风、干燥；搞好环境卫生，及时清理鸭粪，更换垫料，不垫发霉的垫料；鸭舍、饲槽、饮水器等器具要定期消毒；喂料时要少喂勤添，避免料槽中饲料积压。
如果鸭群已发病，病鸭要及时隔离，立即更换垫料，并把垫料下的土铲去一层。圈舍冲洗后，使用0.3%的过氧乙酸，彻底消毒鸭舍和运动场。及时将未感染鸭转移到干净和通风良好的鸭舍。
用制霉菌素，雏鸭每天用量2-3毫克拌料，连用3天，同时，用0.05%硫酸铜溶液（或0.5%-1.0%的碘化钾溶液）饮水，每天中午按治疗量喂一次恩诺沙星（控制继发感染），连用5天，同时注意通风换气。