一、人工生态环境养殖法。即人工创造一个符合无公害水产品生产环境条件的水域进行无公害养殖，如：种草养殖虾、蟹，现已发展成为无公害虾、蟹养殖；在鱼池埂子上种植葡萄或藤蔓类植物用以搭建遮阳棚养蛙，已成为蛙类生态养殖普遍采用的类型；把畜、禽、水产养殖与饲草种植结合在一起，用无公害商品饲料饲养畜、禽、鱼，池埂边坡种饲草饲养鱼类和禽畜，畜禽粪肥经沼气池发酵后作饲草和培育水质的肥料；冬季清塘的鱼池肥泥又可用作种草的基肥，这种人工生态系统养殖法，是无公害水产养殖很有发展潜力的一种形式。
二、使用微生物制剂养殖法。近10年来，微生物活菌制剂逐渐在水产养殖中得到应用推广，这给无公害健康养殖生产提供了有力的保障。目前较多使用的产品有光合细菌制剂，芽胞杆菌、乳酸杆菌制剂、益生素、西菲利、EM制剂等。他们能分解水体中的残饵、鱼粪等有机质，降低水中的氨氮含量，使养殖水体变清洁，从而改善了环境；另外它们能改善养殖对象的胃肠道内环境，增强食欲；同时它们还能强化养殖对象的免疫功能，提高免疫力，增强抗病能力。
三、多品种立体养殖法。水生动物在食物链的调控作用下生活在不同的水层，形成了相对稳定的生态平衡，对生态环境的保护和改善起着重要的调节作用。将这一原理应用于水产养殖生产上，就形成了多品种立体混养法。例如，以草鱼(或鳊)为主养鱼、同池混放一定数量的鲢、鳙、鲤、鲫等就是一种代表模式。该模式的多品种组合非常合理：用草料(或部分商品料)喂养草鱼(或鳊)，他们排出的粪便可以肥水，有利于培养浮游生物，鲢、鳙滤食浮游生物降低了水质肥度，而鲤、鲫又以草鱼吃剩的残饵、碎屑和底栖生物为食，起到打扫环境卫生的作用。经过鲢、鳙、鲤、鲫的共同作用，既净化了水域环境，又促进了主养品种草鱼(或鳊)的生长。若在该系统中适当搭配一点凶猛的肉食性鱼类(如鳢、鲇、鳜、鲈等)，利用他们吃掉养殖水体中的野杂鱼和体质较差或生病的鱼体，不仅可防止主养品种的发病以及疾病蔓延，还能降本增收。
四、全封闭循环水工厂化养殖法。这是当今最先进的水产品生产模式之一。他是在特定的养殖设施内，应用现代高科技手段对养殖水体进行多重杀菌消毒、加温加氧，投喂无公害饲料，使养殖对象始终处在最佳的生活、生长环境中。产品不仅是无公害的，而且能达到绿色食品的要求。但这种养殖模式具有高投入、高产出、高风险的特点，目前仅适合在大中城市的周边及经济发达的缺水地区推广应用。
五、开放式流水或微流水养殖法。这种方法主要是利用河流及湖泊水库水体的自然落差进行流水养殖。由于水质好、环境优，配套使用无公害饲料，主养名优鱼类，只要饲养密度适当，一般很少生病，故不需用药或很少用药，产品通常能达到无公害水产品的标准。
六、水产品与农作物共生互利养殖法。这主要是指过去的稻田养殖、茭白田养殖、慈菇田养殖、藕田养殖等方法，现在必须按照无公害水产品的标准进行生产，严格控制农药的使用，减少药残，确保水产品绿色无公害。