溴化乙锭是强诱变剂，并有中度毒性。取用含有这一染料的溶液时务必戴上手套，溶液使用后应按下面介绍的方法之一进行净化处理。
1. 溴化乙锭浓溶液（即浓度>0.5mg/ml 的溴化乙锭溶液）的净化处理
方法一：用沙门氏菌-微粒体测定法表明，本方法可使EB的诱变活性降至原来的1/200 左右。
（1） 加入足量的水使EB的浓度降低至0.5mg/ml以下。
（2） 在所得的溶液中加入0.2体积的新配制的5%次磷酸和0.12体积的新鲜配置的0.5mol/L亚硝酸钠，小心混匀。切记：检测该溶液的pH值应<3.0，市售次磷酸一般为50%溶液，具有腐蚀性，应小心操作，必须在临用前现用现稀释。亚硝酸钠溶液（0.5mol/L）的配法：用水溶解34.5g亚硝酸钠并定容至终体积500ml，现用现配。
（3） 于室温温育24小时后，加入大大过量的1mol/L碳酸氢钠，该溶液可予丢弃。
方法二：用沙门氏菌-微粒体测定法检查，经用本方法处理后，可使EB的诱变活性降低至原来的1/3000左右。但也有报告称，在用净化溶液处理的空白样品中，偶尔有一些仍具有诱变活性。
（1） 加入足量的水使EB的浓度降低至0.5mg/ml 以下。
（2） 加入1倍体积的0.5mol/L KMnO4，小心混合后再加入1倍体积的2.5mol/L HCl，小心混匀，于室温放置数小时。
（3） 加入1倍体积的2.5mol/L NaOH，小心混合后可丢弃该溶液。
2. EB稀溶液（如含有0.5μg/ml EB的电泳缓冲液）的净化处理
方法一
（1） 每100ml溶液中加入2.9g Amberlite XAD-16，这是一种非离子型多聚吸附剂，可向Rohm & Haas公司购置。
（2） 于室温放置12小时，不时摇动。
（3） 用Whatman 1号滤纸过滤溶液，丢弃滤液。
（4） 用塑料袋封装滤纸和Amberlite树脂，作为有害废物予以丢弃。
方法二
（1） 每100ml溶液中加100mg粉状活性炭。
（2） 于室温放置1小时，不时摇动。
（3） 用Whatman 1号滤纸过滤溶液，丢弃滤液。
（4） 用塑料袋封装滤纸和活性炭。
注：用次氯酸（漂白剂）处理EB稀释液并不可取；EB在262℃分解，在标准条件进行焚化后不可能再有危害性；Amberlite XAD-16 或活性炭可用于净化被EB污染的物体表面。