DGGE、CGGE和TGGE三种方法是基于相同的原理而设计的突变检测方法，它仍均是根据DNA的解链特性而设计。对于同一定序列组成或的DNA片段来说，它具有恒定的解链温度（Tm），但若其序列发生改变时，Tm值亦发生改变，在含有变性因素（变性剂，高温）的凝胶半进行电泳，当其比链解开形成分叉时，电泳迁移的速度就会改变。Tm值主要取决于DNA的碱基组成，序列中出现单碱基替换时，Tm亦发生改变，电泳迁移率亦改变，此即DGGE、CDGE及TGGE鉴定突变的技术基础。
1、变性梯度凝胶电泳（denaturing gel gradient electrophoresis，DGGE）
DGGE是检测基因突变故为精确的方法，它不仅可检测单一片段的单点突变，对多点突变的检测亦较容易，该方法与PCR技术相结合，使其能非常快速的对大量标本进行分析。
对于一DNA片段来说，其Tm值与基碱基组或有关，当其碱基组成发生变化时，Tm值亦改变，因此，对于突变的片段来说，若其在一变性物质线性梯度增加的凝胶上进行电泳时，随着变性剂浓度的增加，当这种浓度达一定值时突变的DNA片段发生解链而形成分叉，其电泳迁移速度变慢。因此突变的DNA片段与正常的DNA片段电泳的迁移位置有差别，研究证明DGGE可检出任何粪型的单碱基取代，如果将突变型与正常的DNA片段形成异源双链时，其敏感性大大提高。
2、恒定变性胶电泳（Constant deratarared gel electrophoresis，CDGE）
CDGE是DGGE基础上发展起来的基因突变检测技术，亦是利用突变基因与正常基因片段间Tm值的差异来检测突变的方法，该方法与DGGE的区别在于聚丙烯酰胺中的含的变性剂浓度相当于含突变基因片段的Tm值，而且浓度恒定，而不是线性递增。为了提高DGGE和CDGE的检测敏感性，通常在一侧引物的5'端设计一含GC的区域（GC-ClampGC钳），避免了DNA的完全解链，从而提高了突变的检出率，可达100%。
3、温度梯度凝胶电泳（Temperature gradient gel electrophoresis，TGGE）
该方法是将PCR扩增的产物量一中性聚丙烯酰胺凝胶上，在一温度线性梯度上升的电场中进行电泳，当DNA双链到达其Tm时，双链解开，形成分叉，而影响电泳迁移率，突变的扩增产物其Tm值与野先型有明显不同，因而有不同的解链区，从而造成电泳迁移效率的差别，据此可判断检材中DNA有无突变。
由于DGGE及TGGE能区分不同DNA的碱基构成，所以也越来越多地运用到分析环境中微生物的群落结构。