虽然PCR仪器不是一种计量仪器，但其主要作用原理与基本计量要素密切相关，要求较高，一旦失控，仪器将不能正常工作，所以PCR仪器也需要定期检测和维护，这对依赖自然风降温的PCR仪器尤为重要。
在仪器的维护保养中，需要注意以下问题：
1)PCR仪器需要定期检测，视制冷方式而定一般半年至少一次。
2)PCR反应的要求温度与实际分布的反应温度是不一致的，当检测发现各孔平均温度差偏离设置温度大于1～2℃时，可以运用温度修正法纠正PCR实际反应温度差。
3)PCR反应过程的关键是升、降温过程的时间控制，要求越短越好，当PCR仪的降温过程超过60s，就应该检查仪器的制冷系统，对风冷制冷的PCR仪要较彻底地清理反应底座的灰尘；对其他制冷系统应检查相关的制冷部件。
4)一般情况如能采用温度修正法纠正仪器的温度时，不要轻易打开或调整仪器的电子控制部件，必要时要请专业人员修理或利用仪器电子线路详细图纸进行维修。
下面介绍一些具体的保养维护方法：
1．样品池的清洗
先打开盖子，然后用95%乙醇或10%清洗液浸泡样品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液体，用棉签吸干剩余液体；打开PCR仪，设定保持温度为50℃的PCR程序并使之运行，让残余液体挥发去除。一般5～10min即可。
2．热盖的清洗
对于荧光定量PCR仪，当有荧光污染出现，而且这一污染并非来自样品池时；或当有污染或残迹物影响到热盖的松紧时，需要用压缩空气或纯水清洗垫盖底面，确保样品池的孔镜干净，无污物阻挡光路。
3．仪器外表面的清洗
清洗仪器的外表面可以除去灰尘和油脂，但达不到消毒的效果。选择没有腐蚀性的清洗剂对PCR仪的外表面进行清洗。
4．更换保险丝
先将PCR仪关机，拔去插头，打开电源插口旁边的保险盒，换上备用的保险丝，观察是否恢复正常。