HACCP系统包含有七大原则，以确认制程中之危害及监控主要管制点，以防止危害的发生，此七大原则如下：
一.危害分析及危害程度评估
由原料、制造过程、运输至消费的食品生产过程之所有阶段，分析其潜在的危害，评估加工中可能发生的危害以及控制此危害之管制项目 (Preventative Measures ,PMs)。
二.主要管制点
决定加工中能去除此危害或是降低危害发生率的一个点、操作或程序的步骤，此步骤能是生产或是制造中的任何一个阶段，包括原料、配方及(或)生产、收成、运输、调配、加工和储存等。
三.管制界限
为确保CCP在控制之下所建立的CCP之管制之界限。
四.监测方法
建立监测CCP之程序，可以测试或是观察进行监测。
五.矫正措施
当监测系统显示CCP未能在控制之下时，需建立的矫正措施(Corrective Action,CA)。
六.建立资料记录和文件保存
建立所有程序之资料纪录，并保存文件，以利纪录、追踪。
七.建立确认程序
建立确认之程序，以确定HACCP系统是在有效的执行。可以稽核之方式，收集辅助性之资料或是以印证HACCP计划是否实施得当。确认之主要范围为：
1、用科学方法确认CCP之控制界限。
2、确认工厂之HACCP计划之功能。包括有终产品之检验﹐HACCP计划之审阅﹐CCP纪录的审阅及确认各个步骤是否执行。
C.内部稽核。包括有工作日志的审阅及流程图和CCP的确认。
D.外部稽核及符合政府相关法令之确认。