HACCP体系与ISO9000一样，要求建立有效的记录保持程序，以提供HACCP体系符合相关要求和有效运行的证据。所谓记录是指"阐明所取得的结果或提供所完成活动的证据的文件"。企业应编制形成文件的程序，以确保对记录进行有效控制。HACCP体系要求的记录可分为两大部分，一是SSOP监控记录；二是HACCP计划要求的记录。
SSOP监控记录可以用来证明卫生标准操作程序（SSOP）被执行的情况，以及SSOP制定的目标和频率能否达到GMP的要求。在制定SSOP时，应考虑各项卫生的监测方式、记录方式，怎样纠正出现的偏差。对各项卫生操作，都应记录其操作方式、场所、由谁负责实施等。 记录的格式应易于使用和遵守，不能过于详细，也不能过松。
HACCP计划要求保持的记录可提供HACCP计划制定的是否合理、HACCP计划是否被有效实施以及HACCP计划被修改的必要性等方面的证据。它一般包括：危害分析（包括修改）、CCP确定（判断树的使用）、关键限值的确定（支持性文件）、CCP监控活动（包括设备及其校准）、纠正措施、HACCP体系改进、HACCP工作单、人员培训（包括资格证书）、HACCP体系验证（内审、外审）等记录。
这里需说明的是，在制定HACCP计划时所需的支持性文件，作为可追溯性的证据，也应以记录的形式予以保存。HACCP支持性文件包括用于制定HACCP计划的信息和资料。如书面的危害分析表、用于进行危害分析和建立关键限值的任何信息的记录。支持文件可以包括：制定抑制细菌性病原体生长的方法时所使用的数据；建立产品安全货架寿命所使用的数据；以及在确定杀死细菌性病原体加热强度时所使用的数据。除了数据以外，支持性文件也可以是与有关顾问或其他专家进行咨询的信件。另外，支持性文件还应包括：HACCP小组的名单和他们的职责；在制定HACCP计划中采取的预期步骤的概要以及必须先具备的程序等。
由于各项记录是判断HACCP是否在执行的依据或CCP是否受控的证据，因此必须确保记录产生的严肃性、真实性、原始性和完整性。各项记录必须在现场观察时记录，不允许提前记录或之后补记，更不允许伪造记录；不允许任意涂改、删除或窜改；各项记录必须完整，不允许缺页、缺项、缺内容。因此，设计记录表格时，在满足记录要求的前提下，应使其具有可操作性，避免繁琐。
在记录保持程序中，要规定对记录进行评审的间隔。只记录不评审，就不会发现生产过程中出现的问题，从而达不到持续改进的目的。根据法规要求，对监控记录、纠正措施记录和验证记录应进行定期评审，前两种记录要求在１周内完成，后一种记录要求在合理的时间内进行，所谓合理的时间是指加工企业应根据企业运转的情况，以及运转的稳定性来具体安排对验证记录的评审。审核时主要审核是否按规定的方法和次数进行监测，是否符合CL，是否在必要时已采取了纠正措施各种记录应保持清晰、易于识别和检索。记录可以用计算机保存，但应注意资料的完整性以及是否签名的一致性。对记录的控制要求采用颜色、编号等方式对记录进行标识，以易于识别和检索；安排适宜的环境贮存记录，防止记录的损坏或丢失；规定对记录的防护、保管和借阅的要求；根据产品的特点、法规要求及合同要求确定记录的保存期，如冷藏水产品为1年；而冷冻水产品或其它货物稳定的制品一般为２年等；对于需销毁的记录，在程序文件中应规定销毁和处置的方法。"说到必须做到"，按照记录保持程序的要求进行记录和控制，是HACCP体系成功运行和持续改进的需要，也是认证和官方验证的需要。