验证程序的正确制定和执行是HACCP计划成功实施的基础。HACCP计划的宗旨是防止食品安全的危害，验证的目的是提供置信水平，即：计划是建立在严谨的、科学的原则基础之上，它足以控制产品和工艺过程中出现的危害，而且这种控制正被贯彻执行着。
验证程序的要素主要包括：HACCP计划的确认、CCP的验证、对HACCP系统的验证、执法机构强制性验证等。
确认是验证的必要内容。在HACCP计划正式实施前，要对计划的各个组成部分进行确认，确认是为了获取能表明包括产品说明、工艺流程图、危害分析、工艺流程图及危害分析签字、CCP的确定、关键限值、监控程序、纠正措施程序、记录保存程序等诸要素行之有效的证据。其次，在一些因素产生变化时，需要执行确认程序。这些因素包括：原料、产品或加工的改变；验证数据出现相反的结果；重复出现的偏差；有关潜在危害或控制手段的新科学信息；生产线中观察到的新变化；或新销售方式以及新的消费方式，确认包括对HACCP计划的各个部分，由危害分析到CCP验证对策作科学及技术上的复查。确认应该由HACCP小组或经由培训或经验丰富的人员来完成。
对CCP制定验证活动是必要的，它能确保所应用的控制程序调校在适当的范围内操作，正确地发挥作用以控制食品的安全。对CCP的验证包括：监控设备的校准、校准记录的复查、针对性的取样和检测及CCP记录的复查。
除了对HACCP计划的确认、CCP的验证活动外，对整个HACCP系统也应制定程序进行定期的验证。对系统验证的频率应：每年至少进行一次；当产品或工艺过程发生显著改变、或系统发生故障时随时进行。验证的频率不是一成不变的，它会随着时间的推移而变。如果历次检查的发现表明过程在控制之内，能保证安全，则减少检查的频率。如果历次检查发现有不正常现象，例如，前后不一致的监控活动，前后不一致的记录保存和不恰当的纠正措施等，则需增加检查频率。检查发现异常则表明有必要重新进行HACCP计划的确认。
对HACCP系统的验证可通过审核进行。审核又分为第一方审核、第二方审核和第三方审核。通过审核可以确定HACCP体系的适宜性、可操作性以及有效性，从而达到持续改进的目的。认证机构是经国家认可委认可，可进行第三方审核、发证的独立组织。其目的是使企业的质量管理体系在认证机构注册并获得证书，提高企业的置信水平，得到更多顾客的信任，从而增强产品竞争能力。因而它的审核比其他审核有更高的客观性，在促进质量管理体系的完善和有效性的保持等方面具有其它审核不可替代的作用。
对以上验证要保存记录，这是记录保持程序的要求，也是审核和执法机构验证的依据。
在HACCP体系中，执法机构的主要作用是验证HACCP计划制订的是否适宜并且是否被贯彻执行。这种验证往往在工厂里现场执行，然而，验证的一些方面也有可能在其它适当的地方进行。执法机构执行的验证程序包括：对SSOP记录的复查、对HACCP计划和任何修改的复查、CCP监控记录的复查、纠正措施记录的复查、验证记录的复查以及随机抽样并分析等。国家认监委最近发布的，自2002年5月1日起施行的"食品生产企业危害分析与关键控制点（HACCP）管理体系认证管理规定"中，规定了出入境检验检疫机构根据有关规定对企业建立和实施的HACCP管理体系进行验证。
"验证才足以置信"。任何形式的验证都是为"食品安全"这个中心服务的，只要企业时时处处以顾客为关注焦点，遵循WTO规则，就会在管理上和产品质量上迈上一个新台阶，为社会提供满意的置信水平。