首先，在实施HACCP之前，企业必须建立和实施GMP、SSOP和质量管理体系（包括生产工艺和操作过程的管理）。果蔬汁生产企业应按照《饮料厂卫生规范》（GB12695-1990）的要求对工厂的厂址、厂房设计、水处理等方面的卫生要求制定GMP。SSOP是按GMP的要求由食品企业自己编写的控制和记录与环境和人员有关的卫生管理的书面文件。SSOP一般包括八个控制卫生的关键内容：(1)与食品接触或与食品接触物表面接触的水(冰)的安全；(2)与食品接触的表面（包括设备、手套、工作服）的清洁度；(3)防止发生交叉污染；(4)手的清洗与消毒间,厕所设施的维护与卫生保持；(5)防止食品被污染物污染；(6)有毒化学物质的标记、储存和使用；(7)雇员的健康与卫生控制；(8)虫害的防治。质量管理体系是确保产品质量能满足食品安全与卫生的各项要求的重要保证。它包括了原料采购、生产工艺和操作控制、产品检验、产品回收、客户投诉、应急措施等多方面的内容，它对企业建立和实施HACCP体系具有非常重要的意义。
此外，管理层的支持、对员工的培训、建立产品回收程序、应急措施、消费者投诉程序、GLP（良好实验室管理操作）等也是建立和实施HACCP体系所必需的。
实施HACCP计划的步骤包括以下的十二个步骤：
第一步是组建HACCP小组，其成员应包括企业内部的管理者、生产、技术和质量方面的人员，以及外部的对HACCP原理和实施、微生物知识以及相关研究具有丰富知识的专家等，他们必须能保证制定完整的、可实施的HACCP计划。
第二步是产品描述，必须正确地说明产品的性能、预期用途和使用方法。对产品的描述可帮助识别在产品形成过程中可能存在的危害。
第三步是确定预期用途。不同用途和不同的消费者对食品安全的要求是不同的。同样的产品针对不同的消费者，其可能产生的危害是不同的，例如老人、儿童、以及免疫低下者会对某些危害特别敏感。
第四步是绘制生产流程图，它需要包括从原料到最终产品的整个过程的详细情况。
第五步是现场确认生产流程图。流程图必须得到HACCP小组的确认，并且准确无误地反映实际生产过程。
第六步是进行危害分析，建立预防措施。应从原料开始直至成品，对每一个点和步骤进行危害分析，确定危害的种类，找出危害的来源，并建立预防措施。危害分析必须准确和具有权威性。当所有的危害被确定后，需要列出控制危害的预防措施。
第七步是确定关键控制点（CCP）。可以使用CCP判断树来帮助确定某一个点或步骤是否为关键控制点。事实上，在果蔬汁加工企业首先应该建立完善的GMP和SSOP体系，把握好对危害的面源性控制，而HACCP应该是在此基础上建立的点源性控制方法。理解了这一概念后建立的CCP才是合理的、有价值的。
第八步是建立关键限值。建立的关键限值应以是否产生危害或者产生的危害是否时可接受水平为标准，建立的关键限值必须具有可操作性，在实际操作中我们一般使用比关键限值更严格的操作限值来进行操作以保证关键限值不被突破。并且，在连续的生产过程中，对物理和化学指标的监控通常更加准确和快速的，所以尽量不使用微生物指标作为监控数值。
第九步是建立合适的监控程序。这里需要明确监控的对象、监控的方法、监控的频率和监控的人员。但当生产工艺流程或有关条件改变时，监控的频率必须做相应的调整。
第十步是建立纠偏程序。当关键限值出现偏离，即有可能出现危害，因此必须采取纠偏措施，措施包括对出现偏离的产品妥善保存，并进行相关的分析测试，评估产品的安全性，在此基础上，对不合格产品进行销毁；符合重新加工要求的，进行返工处理并达到产品的一致性；或者将残次品加工成要求较低的另一种产品。
第十一步是建立验证程序。首先是对HACCP计划的所有要素确认，确认的过程必须具有科学依据；其次是对CCP的验证包括监控设备的校准、监控纪录的复查、针对性的取样检测、CCP纪录的复查；最后是对HACCP体系的验证，即检查HACCP计划所规定的各种控制措施是否被有效贯彻实施。这种验证活动同厂每年进行一次，但当系统发生故障、产品或加工过程发生变化时，也要进行HACCP体系的验证。
第十二步是建立记录保持程序。HACCP体系很重要的一点是它必须要有完整准确的纪录，具有历史的可追溯性，一旦发生问题，能从中查询产生问题的实际产生过程或排除某一过程产生问题的可能性。同时它也提供了一个有效的监控手段，使企业及时发现并调整加工过程中偏离CCP的趋势，防止生产过程失去控制。