一般人们认为ISO9000与HACCP是不同的，但实际上两者有许多共同之处，共同点在于:
——均需要全体员工参与
——两者均结构严谨，重点明确
——目的均是使消费者(用户)信任
不同点在于：
——HACCP是食品安全控制统;
——ISO9000是适用于所有工业整体质量控制体系
——ISO9000是企业质量保证体系；而HACCP源于企业内部对某一产品安全性控制要求的体系，HACCP其原理为危害预防，而非针对最终产品检验，一般被较大型食品企业采用，一般企业也采用相近的控制系统生产高品质产品。
HACCP是用于分析和测定关键控制点的一项专门技术，它不是一个死板的体系，必需根据产品的生产加工及设备等因素相应制定。
HACCP是一个动态的、详细的体系，不是一个纸面上的东西。HACCP需要与其它质量管理措施及卫生规范的支持，如供应商质量保证，统计质量控制及良好实验室操作规范等。这些均与ISO9000原理相连，使企业向全面质量管理方面发展。