食品出现的安全危害来源于两个方面－食品加工环境和加工过程中物理的、化学的和生物的污染；食品加工工艺流程不合理或控制不良所造成的食品不安全。只有对以上两方面实施了有效的控制，才能使最终产品是卫生的、安全的。
SSOP具体列出了卫生控制的各项目标，包括了食品加工过程中的卫生、工厂环境的卫生和为达到GMP的要求所采取的行动。SSOP的正确制定和有效执行，对控制危害是非常有价值的。如果SSOP实施了对加工环境和加工过程中各种污染或危害的有效控制，那么按产品工艺流程进行危害分析而实施的关键控制点（CCP）的控制就能集中到对工艺过程中的食品危害的控制方面。按FDA的说法，就是“确定哪些危害是由加工者的卫生监控计划来控制的－将它们从HACCP计划中划出去，只余下少数需要在HACCP计划中加以控制的显著危害”。因此，HACCP计划中CCP的确定受到SSOP有效实施的影响，或HACCP体系建筑在以GMP为基础的SSOP上。SSOP可以减少HACCP计划中的CCP数量。把某一危害归类到SSOP控制而不列入HACCP计划内控制丝毫不意味着对其控制的重要性有所降低或表明未作为优先控制加以考虑。事实上，危害是通过SSOP和HACCP的CCP共同予以控制的。例如工厂的卫生、人员的卫生和严格的操作程序，在控制熟制品中的李斯特菌危害方面完全同处于HACCP计划中，作为CCP的实质性加热和冷藏工序一样，且有同等重要的意义。这就是为什么美国21CFR－123法规要求地进口验证时，同时提供HACCP和卫生监控记录的原因。
当工厂实施了SSOP后，HACCP就能更为有效，因为HACCP体系就能集中到与食品或其生产过程中相关的危害控制上，而不是在生产卫生环境上，HACCP计划更加体现特定食品危害控制属性。反之，也可以把卫生控制作为HACCP计划的一部分，但在这种情况下，各项卫生控制必须具有CCP的所有特性，如确定关键限值、建立监控、纠正措施、记录保持和验证程序。
值得注意的是，并非所有的食品生产都必须具有HACCP计划。某些低风险食品经过危害分析后，没有发现显著危害，从而不需建CCP，因此，也就可以没有HACCP计划。但食品加工企业按照食品法规的强制性要求，即没有HACCP计划，工厂的生产卫生也必须达到GMP的规定。任何卫生计划中的一个重要部分是监控，监控体系应能确保生产的条件和状况符合SSOP的规定。