为保证“三品一标”农产品质量安全水平和市场公信力，农业部门采取了严格的证后监管措施，对认证农产品实行年度例行监测、监督抽查、生产年检、标识督察和检打联动制度，设立了到期复查和淘汰退出机制，建立了质量安全追溯体系，较好地实现了上市认证农产品“生产有记录、流向可追踪、信息可查询”。最近几年的例行监测和监督抽检显示，“三品一标”产品质量安全合格率稳定保持在98%以上。从市场调查情况看，“三品一标”农产品已成为老百姓心目中安全优质农产品的代名词，深得消费者欢迎。
三品一标”农产品最主要的是推行标准化生产和全程质量控制。总体上看有3个突出的特点：一是生产时的规模大。认定的“三品一标”产地平均生产经营规模超过1000公顷，相当于1.5万亩，而且认定的地方50%实现连片种植管理、基地化生产，75％的认证单位依托基地带动农户，每个认证单位平均带动农户超过1200个。二是经营组织化程度高。“十一五”期间，各类农业产业化龙头企业和专业合作组织占“三品一标”认证单位总数的比例由25%上升到75%，其中获证国家级农业产业化龙头企业达到300多家，超过国家级农业产业化龙头企业总数的一半多。三是以“菜篮子”产品为主，结构不断优化。老百姓的“菜篮子”中，园艺、畜牧、水产占主导地位，而这些方面是“三品一标”认证的重点和主体，而且认证的比例快速提升。