HACCP遵循“PDCA”的管理原则。与ISO9000质量管理体系类似。它也采用“过程”方法进行管理；提倡管理者的领导核心作用和全员参与；强调监视测量；并要求对质量记录、文件和数据进行控制管理等。
但是，HACCP对食品企业的管理目标，特别是卫生安全目标的要求更明确，管理内容也更具体。它强调食品企业严格遵守食品和卫生法律法规，建立以HACCP计划，良好操作规范(GMP)和卫生标准操作规程(SSOP)为核心的三级食品安全管理体系。因此，HACCP在对食品安全危害和质量的控制上更具体、在管理技术措施上更富有针对性和有效性。
目前，大多数的食品企业采取HACCP与ISO9000两套系统独立运行，部分程序共用的运作模式。企业可以根据需要同时或分别申请HACCP认证。