在水产养殖方面应用体系，就是要在亲体-幼苗-养成-销售整个过程中对包括养殖场在周围环境、养殖水质、苗种、饲料、水产药物等方面 进行全方位的监控，针对各个重要的环节进行危害分析，并加以控制，确保养殖产品不会人类的健康造成危害。
1、对养殖场周围环境的控制。对养殖场的选址、设计和建造必须认真进行，其危害可能出现在养殖场周围环境中，有无物理、化学、放射性等污染源与之息息相关。土壤的特性与建造在该地的池塘的水质直接有联系，如酸性土壤会使PH降低，从而使析出的金属在水体中富集。如果池塘与农田或工矿区相连，杀虫剂或其它化学物质必然会进入池塘，引起对鱼体的化学污染。要做好这方面的控制，就要求池塘地理位置适宜，远离有毒有害场所及污染源。
2、养殖水质的监控。水源的选择和水质的处理都是养殖水质监控的重点。养殖的水源是健康养殖的关键前题。工业、农田及居住区的废水排放，都可能带来过量的重金属、农药、病毒细菌等，为此，水产养殖场要远离工业、农田及居住区，以避免水源受到污染。池塘的水质应该满足渔业用水标准，要水质清新，不能含有过量的对人体有害的重金属及化学物质，池塘的底泥及周围土壤中的重金属含量指标不超标。。日常的管理中，应每 天都对养殖水体测定其温度、PH值、溶解氧、氨氮、硫化物等污染指标。通过水质分析和对底质的污染指标的监测，从而测出污染物的组成、变化及迁移的情况。以上监控都要建立纠编和验证程序，并保存记录。国家颁布了NY 5051-2001《无公害食品 淡水养殖用水水质》的行业标准，其标准可作为检测、评价养殖水体是否符合无公害水产品养殖环境条件要求的依据。
3、苗种安全的控制。育苗场在育苗过程中要禁用抗生素、孔雀石绿等药物，避免高温育苗、有亲源关系的亲本繁殖。育苗场中在育苗过程中使用对饵料、药物、水质处理都要有严格的控制，必须做好控制和纠编的记录。在苗种的放养上，要求选择规格一致、无病害、无伤残的优良苗种。
4、在饲养管理上的控制。投喂用料是否安全、防病用药是否适宜都是饲养管理中的重点环节。在投喂用料方面，国家颁布了NY 5072-2001《无公害食品 渔用配合饲料安全限量》的行业标准。由于饲料的安全性直接影响到养殖水产品的安全性，为此饲料生产企业须经把好原料采购、配方、加工操作等关。不能用镇静类、激素类等被限用或禁用的药物作添加剂。在包装上必须做到包装规范，要有具体的饲料型号。贮存饲料的场所要干燥、通风，做好防鼠防虫工作，注意保质期。每个养殖场都应建立饲料投喂、鱼药添加、饲料转换等记录保持程序，万一不小心用了不合格的饲料，可采用转移鱼群或延长净化时间的方法来处理。在防病用药方面，国家颁布了NY 5071-2001《无公害食品 渔用药物使用准则》的行业标准，根据此规定，重金属盐类、磺胺类、激素类、镇静剂类等药物中有许多属于限量使用或禁止使用。目前市场上的渔药种类繁多，有许多是没标明药物成分和含量的，很容易造成药物的非法使用，养殖者在购买渔药时一定要选择有药物成分和含量及生产批号的药物。养殖者应避免选用高毒、高残留的渔药，多选用中草药或微生物制剂、水质改良剂等生态形高效低残留药物。在养殖场中要有专门的场所用来贮存药物，此场所要做到干燥、通风，不能给阳光直晒。对于用药的原因、种类、停药期、用药人等都应有完整的记录，贯彻实?quot;全面预防，防重于治的方针。
在正确的养殖管理中应用HACCP必定能提高水产品的食用安全性，确保水产养殖产品无公害化、绿色化、环保化，使其能顺利进入国际市场，给养殖者带来更大的经济利益。