认证机构作为第三方认证的基本程序一般包括三个阶段：认证资料审核受理、现场审核、纠正措施及跟踪、认证审核报告、认证后的监督。
企业根据自己的实际情况，按照规定提出认证申请，填写《HACCP体系认证申请书》。在提出申请的同时应按认证机构的要求提交相关资料。认证机构对申请企业所递交的资料进行初步审核，决定是否受理其认证申请。认证文件资料的审核简称文审。文审是进行现场审核的基础。经资料初审可接受申请的，双方须签订认证合同，不予受理认证的，认证机构应发放不予接受申请的通知书。
签订认证合同后，认证机构组建审核小组，进入资料技术审核阶段。文件资料审核主要是对其符合性、系统性、充分性、适宜性、协调性进行的审核。根据审核情况，决定是否赴企业进行初访，初步了解企业HACCP体系运作情况，为审核的可靠性收集信息。在文件资料审核、初访的基础上，编制HACCP体系现场审核计划。
审核组由组长、审核员、专业审核员组成，组内至少配备一名有相关专业能力的成员。 审核组要参加企业的见面会，按计划或方案进行现场审核。通过现场观察、记录审查、提问 抽查等方法，应对现场审核提出评审意见，归结审核证据，沟通审核结果，编写认证审核报告。
审核结论包括三种情况：推荐认证通过；推迟认证通过；不推荐认证通过。
在HACCP的认证过程中，纠正措施一般有现场跟踪验证；对纠正措施的实施记录追踪检查；对纠正措施实施方案的跟踪。要求三个月内完成纠正措施。
根据《认证机构实施HACCP质量体系认证的认可基本（试行）》的规定，认证机构需每年组织全部体系进行一次复评，复评至少包括一次文件审查和一次现场审核。认证机构可对获证企业进行监督审核，通常为半年一次，监督企业实施HACCP体系。
2001年，按照国务院的授权，认证认可管理职能交给国家认证可监督管理委员会承担，HACCP体系认证工作实行了依法管理。2002年5月，我国强制性要求六类产品生产出口企业，即生产水产品、肉及肉制品、速冻蔬菜、果蔬汁、含肉及水产品的速冻食品、罐头产品的企业实施HACCP体系，这一要求标志着我国在食品企业应用HACCP体系进入了强制性实施阶段。