加工流程图在企业制定HACCP计划的意义在于：（1）由于流程图覆盖了加工的步骤和环节，给HACCP小组和审核员提供了完整的概念，是一个重要的视觉工具。（2）一个完整的流程图，如果覆盖了所有的过程，就为HACCP小组识别加工过程中的潜在风险、全面分析相关危害奠定了基础。（3）流程图的不完整性，将会导致HACCP小组疏忽某一加工过程的危害分析、甚至可能导致遗漏显著的安全危害，它将影响的是企业危害分析的有效性。
下面再结合审核案例，从反面的角度来认识流程图的重要性。
例一
2003.7~8审核某食品加工厂，其前加工环节描述为：原料验收----漂洗等。审核员来到加工车间，针对这两个环节对照加工流程图进行再确认时发现，原料验收后并非马上去漂洗加工等，而是储存在池中，时间可长达数月甚至一年，储存期间原料偶有漂浮起来，被工人视为不合格品清除掉，审核员通过和现场人员交流,确定前加工环节实际应为：原料验收----原料储存----漂洗等，但这一储存步骤未能在企业的加工流程图中得到识别,其中的潜在危害也未在HACCP计划中得以分析(如盐浓度不达要求、或与空气隔离不够导致微生物繁殖而产生原料腐败等)，相应的措施更无从说起。HACCP小组也认识到：原料储存环节在流程图和危害分析表中未能识别，随后采取了纠正措施。
审核体会：以上的问题根源是在制定加工流程图阶段，疏忽了某个加工过程。应当认识到，疏忽某一加工过程（如原料储存），将影响企业对该环节的危害控制的有效性。
例二
2003.7~8审核某食品加工厂，在文件审核阶段发现其加工流程图的原料验收环节中没有标明原料的性质，从随后的危害分析表等资料推断似乎为新鲜原料。现场审核发现工厂验收的原料为经过粗加工的腌渍原料，而非新鲜原料，但工厂的危害分析表未对腌渍环节浓度不够可能导致细菌生长、繁殖的潜在危害进行分析和评估，也没有相应的措施来预防。在审核员和工厂交流后，HACCP小组对原料验收环节予以澄清并解决了HACCP计划与实际的差异。
审核体会：以上的问题根源是在制定加工流程图阶段，没有识别出由于产品性质的不同，潜在的危害也有所不同。
例三
2002.12审核某食品加工车间，审核员发现现场操作工人用金属丝球擦洗不锈钢盘子和其他工器具，对照工厂的加工流程图没有对清洗步骤的方法加以注明，HACCP小组在做危害分析时未能对以上情况所产生的金属物混如产品的物理危害进行分析和评估，也无监控措施。
审核体会：以上的问题根源是在制定加工流程图阶段，疏忽了对加工方法的识别。应当认识到，相同的加工步骤（如清洗步骤），但使用不同的设施（如用金属丝球代替抹布），能够导致HACCP计划要素的改变。
综上，流程图的精确性对危害分析的准确性和完整性是非常关键的。企业在引入HACCP体系时，要结合自身加工现场的实际情况，而不能在参考其他企业的HACCP体系文件时疏忽或遗漏了自己的某些不同的加工环节或过程。
最后建议绘制加工流程图时，应从原料、辅料以及包装材料开始绘制，随着原料进入工厂，将先后的加工步骤逐一全部列出。必要时，还应把所有的过程、参数（如时间、温度等）和方法等标注到流程图中，为下一步的危害分析打好基础。