组织采用该标准的益处至少涉及到以下几方面：
(1)可以与贸易伙伴进行有组织的、有针对性的沟通：
(2)在组织内部及食品链中实现资源利用最优化；
(3)改善文献资源管理；
(4)加强计划性，减少过程后的检验；
(5)更加有效和动态的进行食品安全风险控制；
(6)所有的控制措施都将进行风险分析；
(7)对必备方案进行系统化管理：
(8)由于关注最终结果，该标准适用范围广泛；
(9)可以作为决策的有效依据；
(10)充分提高勤奋度：
(11)聚焦于对必要的问题的控制；
(12)通过减少冗余的系统审计而节约资源。
其他利益相关方获得的好处包括：
能够信任采用该标准的组织有能力识别和控制食品安全风险。
此外，以下原因也可以增加该标准的价值：
(1)是国际性的：
(2)为协调各国国家标准提供了可能；
(3)食品加工者正期待该标准；
(4)为整个食品链提供了参考：
(5)为第一方认证提供了框架；
(6)弥补了IS09001：2000和HACCP的不足；
(7)为更好地理解和进一步发展HACCP药典做出了贡献；
(8)具有清晰要求的可供审核的标准；
(9)采用系统方法而不是产品方法，从而适用于管理者。