危害分析是对于某一产品或某一加工过程，分析实际上存在哪些危害，是否是显著危害，同时制定出相应的预防措施，最后确定是否是关键控制点。显著危害是指那些可能发生或一旦发生就会造成消费者不可接受的健康风险的危害。HACCP只把重点放到那些显著危害上，没有这一点，试图控制太多，就会导致看不到真正的危害。
"危害分析与预防控制措施"是HACCP七个原理的基础。其余几个原理都是针对分析出的显著危害进行制定和控制的。在危害分析期间，要把对安全的关注同对质量的关注分开。
危害分析是一个反复的过程，需要HACCP小组（必要时请外部专家）广泛参与，以确保食品中所有潜在的危害都被识别以便实施控制。在危害分析期间，HACCP小组通过自由讨论和危害评估，根据各种危害发生的可能性和严重性来确定一种危害的潜在显著性。通常根据工作经验、流行病的数据及技术资料的信息来评估其发生的可能性；严重性就是危害的严重程度。对危害的严重性，可能有不同的意见，甚至于各专家间也会有不同意见。HACCP小组可以依据现有的指导性材料并吸取那些协助改进HACCP小组方案的专家们的意见来确定。
危害分析是针对特定产品的特定过程进行的，因为不同的产品或同一产品加工过程不同，其危害分析都会有所不同。因此，当产品或加工过程发生变化时，都必须重新进行危害分析。这种变化可能包括、但不限于：
- 因为原料或原料来源；
- 产品配方；
- 加工方法或系统；
- 产量；
- 包装；
- 成品流通系统；或
- 成品的预期使用或消费的变化。
危害分析必须考虑所有的显著危害。从原料的接收到成品的包装贮运整个加工过程的每一步都要考虑到。为了保持分析时的清晰明了，利用危害分析表来组织分析过程，将会有很大帮助。下面是危害分析表的格式：
（1）加工步骤 （2）确定本步中引入的、控制的或增加的潜在危害 （3）潜在的食品安全危害是显著的吗？（是／否） （4）对第3栏的判断提出依据 （5）能用于显著危害的预防措施是什么？ （6）该步骤是关键控制点吗？（是／否）
危害分析表共有6栏：
第一栏：加工步骤。经现场验证的工艺流程图中的每一步骤，分别填写在第一栏里；
第二栏：识别本步中引入的、控制的或增加的潜在危害。对每一步骤可能有的潜在危害包括生物的、化学的和物理的危害，都要列在第二栏里。潜在的危害有可能是引入的，如原料或辅料本身带入的致病菌、化学污染物、农药残留和物理性杂质等，以及加工过程中可能通过人员、器具、机械等带入新的危害；也可能是控制不当增加的危害，如致病菌的繁殖，如果不控制致病菌繁殖的环境和条件，致病菌就会大量繁殖或产生毒素，从而造成食品安全危害；同时也有可能在此步骤，对上述引入的危害进行控制，将其消除或减少到可接受水平，如杀菌或速冻工序等。
第三栏：潜在的食品安全危害是显著的吗？（是／否）。根据食品的预期用途、消费方式、预期的消费群体以及危害的严重程度，来判断列在第二栏里的潜在危害是否是显著危害。
第四栏：对第三栏的判断提出依据。这里需强调的是，判定一个危害是否为显著危害，有两个判据：一是它极有可能发生，二是它一旦发生就可能对消费者导致不可接受的健康风险。
第五栏：能用于显著危害的预防措施是什么？对显著危害必须制定相应的预防控制措施，将危害消除或降低到可接受水平。预防控制措施可分为三类，第一类是预防危害发生，如改变pH值或添加防腐剂可控制病原体在成品中的生长；改进食品的原料配方，可防止化学危害等。第二类是消除危害，如加热、烹调可杀死所有的致病菌；金属检测器可剔除金属碎片等。第三类是将危害减少到可接收水平，如收购从认可海区获得的贝类可使某些微生物和化学危害被减少到最低程度等。一种危害可有多个预防措施来控制，一个预防措施也可以控制多种危害。预防措施是否适用，需要有科学依据，也需要通过验证得以确认。
第六栏：该步骤是关键控制点吗？（是／否）。关键控制点的判定是HACCP原理二的内容，在后面的文章中将详细介绍。将关键控制点判定的结果填入该栏，就完成了危害分析表。
危害分析表和HACCP小组成员的名单必须予以保存，它是HACCP计划的组成部分，也是验证和审核（内审和外审）的依据。当危害分析证明没有发生食品安全危害的可能时，可以没有HACCP计划，但危害分析工作表必须予以记录和保存。当产品或加工过程产生了变动而且可能影响以前所作的危害分析结果时，企业应重新评估危害分析的适应性。