通过危害分析和预防措施确定了关键控制点（CCP），为每个CCP建立关键限值和操作限值后，接下来需要建立文件化的监控程序，对每个CCP点对应的关键限值和操作限值进行定期的测量或观察，以评估一个CCP是否受控，根据监控值的变化趋势，及时采取相应措施，如加工调整或采取纠正措施。监控对象、监控方法、监控频率以及监控人员构成了监控程序的内容。
在监控程序中要规定控制的目标，也就是监控对象，例如：当对温度敏感成份是关键时，则对温度进行测定；当酸化是食品生产的关键时，则测量酸性成份的PH值；当加热或冷却过程是关键时，则温度和传送速度为监控对象。监控对象可以包括观察对一个CCP的预防措施是否实施。例如：检查原料供应商的许可证；检查软体贝类原料容器上的标签所记的捕捞海域，确定是否来自未批准的捕捞区域等。
在监控方法中，要规定为达到控制目标所使用的方法以及仪器设备。监控必须提供快速的或即时的结果。微生物检测因耗时长且不宜掌握，因此很少用于CCP监控；物理和化学的测量手段快速、方便，是较理想的监控方法，如对时间／温度、水分活度（aw）、酸度（PH）、感官检查等的监控都是常用的监控方法。
在监控程序中，除了规定合适的监控方法外，还必须考虑选择何种监控仪器、设备。根据不同的监控对象，可选用不同的监控仪器、设备，如温度计、自动温度记录仪、钟表、衡量器、PH值计、水活度计和化学分析设备等。设备必须准确、可靠。例如，某产品的最低中心温度必须达到63℃方可杀灭致病菌，而温度计的误差为±１℃，那么，CL值就设定为64℃。另外，温度计需定期校正，以确保准确性。
在监控程序中应规定监控频率。监控可以是连续的，也可是非连续的。但监控频率必须能确保对CCP进行有效监控，只要有可能，尽量采用连续监控，连续监控对很多种物理和化学参数是可行的。例如，采用温度记录仪可以对蟹肉巴氏杀菌全过程的温度／时间实现监控和记录；采用金属探测器对产品进行金属杂质的连续监控等。
监控仪器、设备可以产生连续的监控记录，但并不意味着已经对危害实行了控制。定期检查连续监控记录，必要时采取措施，这也是监控的一个组成部分。当出现CL偏离时，检查间隔的时间长短将直接影响到产品返工和损失的数量，因此，监控频率必须有利于产品的标识和可追溯性。
当不可能连续监控一个CCP时，例如，罐内最大装罐量、初温的监控等，缩短监控的时间间隔，对监控可能发生的关键限值和操作限值的偏离是很有效的一种手段。
制定HACCP计划时，明确由谁监控以及监控责任是另一个重要的考虑因素。从事CCP监控的人员可以是：流水线上的人员、设备操作者、监督员、维修人员或质量保证人员。作业的现场人员进行监控是比较合适的，因为这些人在连续观察产品的生产和设备的动作中，能容易地发现异常情况的发生。同时，HACCP活动中有现场人员参与，有利于HACCP计划的理解和执行。CCP监控人员必须：（1）受过CCP监控技术的培训；（2）充分理解CCP监控的重要性；（3）在监控的方便岗位上作业；（4）能对监控活动提供准确报告；（5）能及时报告CL值偏离情况，以便迅速采取纠正措施。
监控人员的责任是及时记录监控结果，报告异常事件和CL值偏离情况，以便采取加工过程调整或纠正措施。所有CCP的有关记录必须有监控人员的签名。
另外，在监控程序中应规定审核负责人，审核人员负责对监控记录进行审核，并在审核记录上签字。监控记录必须予以保存，它可以用来证明产品是在符合HACCP计划要求的条件下生产的，同时，为将来的验证提供必需的资料。