当确定了关键控制点（CCP）后，必须为每个关键控制点设立关键限值（CL），用于控制每个显著危害。所谓关键限值（CL）是与一个CCP相联系的每个预防措施所必须满足的标准，它是确保食品可接受与不可接受的界限，也就是说关键限值是一个数值，而不是一个数值范围。
对于每个CCP，通常存在多种选择方案来控制一种特定的显著危害。不同的控制选择通常需要建立不同的关键限值，选择关键限值的原则是：快速、准确和方便，具有可操作性。在实际操作当中，多用一些物理的(如时间、温度 、厚度、大小)、化学的(如PH值、水活度值、盐量浓度)指标；而不要用一些费时费钱又需要大量样品而且结果不均一的微生物学限量或指标。例如，为油炸鱼饼（CCP）设立关键限值（CL），以控制致病菌，有以下三种选择方案：选择１：CL值定为"无致病菌检出"；选择２：CL值定为"最低中心温度66℃；最少时间１分钟"；选择３：CL值定为"最低油温177℃；最大饼厚0.25英寸；最少时间１分钟"。显然，在选择１中所采用的CL值（微生物限值）是不实际的，通过微生物检验确定CL值是否偏离需要数日，很费时，CL值不能及时监控。此外，微生物污染带有偶然性，需大量样品检测，结果才有意义。微生物取样和检验往往缺乏足够的敏感度和现实性；在选择２中，以油炸后的鱼饼中心温度和时间作为CL值，就要比选择１更灵敏、实用，但存在着难以进行连续监控的缺陷；在选择３中，以最低油温、最大饼厚和最少油炸时间作为油炸工序(CCP)的CL值，确保了鱼饼油炸后应达到的杀灭致病菌的最低中心温度和油炸时间，同时油温和油炸时间能得到连续监控（油温自动记录仪／传送网带速度自动记录仪）。因此，选择３是最快速、准确和方便的，是最佳的ＣＬ选择方案。
另外，选择关键限值应具有科学依据。正确的关键限值需要通过实验或从科学刊物、法律性标准、专家及科学研究等渠道收集信息，予以确定，例如，从杂志文章、食品科学教科书、微生物参考书、政府食品卫生管理指南、进口国食品卫生标准、热力杀菌管理当局、食品科学家、微生物学家、设备制造商、大学研究服务机构处获得。
当然，在不少情况下，合适的关键限值（CL）未必容易找到，甚至于找不到，食品加工企业就应选用一个保守的CL值。用于确定CL值的根据和资料应予存档，作为HACCP计划的支持性文件。
关键限值的建立是与后面的监控以及纠正措施相互联系的，当监控发现加工一旦偏离了关键限值，就要及时采取纠正措施。纠正措施不但要查找和消除发生偏离的原因，防止偏离再次发生，还要隔离和重新评估发生偏离期间所生产的产品，以确保食品安全。因此只设立关键限值不利于生产控制，为此我们还要为关键控制点设立一个操作限值。
操作限值（OＬ）是比关键限值（CL）更严格的限度，由操作人员使用的，以降低偏离的风险的标准。操作限值应当确立在关键限值被违反以前所达到的水平。操作限值（OＬ）的建立应考虑：1、设备操作中操作值的正常波动；2、避免超出一个关键限值；3、质量原因等。
操作限值不能与关键限值相混淆。在实际加工过程中，当监控值违反操作限值时，需要进行加工调整。加工调整是为了使加工回到操作限值内而采取的措施。加工调整不涉及产品，只是消除发生偏离操作限值的原因，使加工回到操作限值。加工人员可以使用加工调整避免加工失控和采取纠正措施的必要，及早地发现失控的趋势并采取行动可以防止产品返工，或造成产品的报废。只有监控值违反了关键限值时，才采取纠正措施。由此不难看出，HACCP体系的正确建立和有效实施，不但可以提升企业的管理水平，还可以降低生产成本。以最低的生产成本，创造最佳的经济效益。